پس از رسانه‌ای شدن پشت سر هم احکام قطع همکاری دانشگاه‌ها با استادان و انتقاد‌های گستردهٔ افکار عمومی از این رویه، وزارت کشور در اطلاعیه‌ای از تصمیمات وزارت علوم دفاع کرد. این اطلاعیه دو روز پس از آن‌که «محمدرضا عارف» از هیئت جذب دانشگاه صنعتی شریف در اعتراض به حکم اخراج استادان، استعفا داد و کانون صنفی استادان دانشگاهی ایران به ریاست او از دخالت نهادهای غیرمسئول مانند وزارت کشور در امور دانشگاه‌ها انتقاد کرده بود، صادر شد. هرچند وزارت کشور در واکنش، رویهٔ سلبی وزارت علوم در برخورد با برخی استادان دانشگاه را شایسته تقدیر دانست، اما «محمدعلی زلفی‌گل»، وزیر علوم تا لحظهٔ تحریر این گزارش، خود را موظف به پاسخگویی ندانسته است. بااین‌حال، روز گذشته «محمد خلج امیرحسینی»، رئیس مرکز جذب اعضای هیئت‌علمی وزارت علوم، دربارهٔ برکناری برخی از اعضای هیئت‌علمی دانشگاه‌ها،‌ با غیرواقعی خواندن آمار ارائه‌شده گفته است که همهٔ مسائل مربوط به اعضای هیئت‌علمی تابع قانون است و این وزارتخانه نمی‌تواند جز این با هیئت‌علمی دانشگاه‌ها برخورد کند.

درحالی‌که سکوت وزیر علوم دربارهٔ برخورد با استادان دانشگاه‌ها ادامه دارد، اما معاونانش از تصمیمات این وزارتخانه دفاع می‌کنند. به‌طور مثال روز گذشته «محمد خلج امیرحسینی»، رئیس مرکز جذب اعضای هیئت‌علمی وزارت علوم، دربارهٔ برکناری برخی از اعضای هیئت‌علمی دانشگاه‌ها به ایرنا گفته بود که این تصمیمات تابع قانون بوده است:‌‌ «ما هیچ کاری را خارج از قانون، مخصوصاً درخصوص اعضای هیئت‌علمی نمی‌توانیم انجام دهیم و به این راحتی نمی‌توانیم به هرکدام از آنها بگوییم برو یا بمان.»
استادان می‌توانند به احکام ابلاغی اعتراض کنند
او همچنین گفته بود که علت شنیده شدن زیاد اخبار لغو قرارداد با استادان این است که در اواخر شهریور هر سال قراردادها به پایان می‌رسند و معمولاً اساتید پیمانی، قراردادشان شهریور به شهریور یا مرداد به مرداد است. او همچنین اضافه کرد که استادان می‌توانند به احکام ابلاغی، اعتراض کنند:‌ «اگر دانشگاه تشخیص داد که شخصی دیگر صلاحیت ادامهٔ فعالیت و همکاری با دانشگاه را ندارد، طبق قانون آن شخص می‌تواند به هیئت مرکزی جذب اعتراض کند و به این سادگی نیست که صرفاً چون دانشگاه تشخیص داده است، کار تمام شود. اگر مجدداً هیئت مرکزی جذب هم تشخیص دهد که آن فرد صلاحیت ادامهٔ همکاری را ندارد، باز آن عضو هیئت‌علمی می‌تواند به هیئت عالی جذب اعتراض کند و چندین مرحله امکان این اعتراض وجود دارد.»

وزارت کشور:‌ آنچه وزارت علوم در برابر معدود اساتیدی که دچار رکود علمی بوده، اما نقش مهمی در نمایش‌های رسانه‌ای داشته‌اند، صورت داده است کاملاً برمبنای موازین قانونی و اداری و البته وظیفهٔ انقلابی این وزارتخانه برای پویایی علمی و فرهنگی دانشگاه‌ها بوده است که جای تقدیر دارد

تقدیر وزارت کشور از وزارت علوم برای لغو قرارداد استادان
وزارت کشور در واکنش به سیل اخراج استادان دانشگاه، اظهارات رسانه‌ها دربارهٔ تصمیمات وزارت علوم را شتاب‌زده و بعضاً غرض‌آلود خواند. بر همین اساس مرکز اطلاع‌رسانی وزارت کشور این وزارتخانه از پیگیری‌ مسائل مرتبط با دانشگاه‌های کشور خبر داد و در واکنش به فضای پیش‌آمده، اطلاعیه‌ای صادر کرد:
دانشگاه پرچمدار پیشرفت و پیشران تحول در کشور خصوصاً در طی سالیان پس از پیروزی انقلاب اسلامی بوده و است. ظرفیت وسیع نیروی جوان در دانشگاه و توان تحولات قدرت‌آفرین برای پیشرفت درون‌زای کشور از جدی‌ترین زمینه‌های نگرانی دشمنان در ادوار مختلف بوده است. اعتماد و باور رهبر حکیم و فرزانهٔ انقلاب به دانشگاه سرمایه‌ای بزرگ و منحصربه‌فرد در طی سالیان اخیر است. منزلت والای دانشگاه در منظر رهبر گرانقدر انقلاب اسلامی با محورهایی مانند پیشرفت، نهضت نرم‌افزاری، اعتمادبه‌نفس ملی، خودباوری، نقد و نظریه‌پردازی و… نصب‌العین همهٔ مسئولان کشور بوده و برای جامعهٔ دانشگاهی سرمایه‌ٔ بزرگی برای رفع موانع و بن‌بستهای احتمالی و پیشرفت و تعالی است. بیشترین آسیب به دانشگاه در سال‌های گذشته از ناحیهٔ جریان‌هایی وارد آمده است که کوشیده‌اند با سیاسی‌بازی و بهره‌برداری‌های جناحی و انتخاباتی از ظرفیت بزرگ دانشگاه و فطرت حق‌جوی جوانان دانشجو در راستای مطامع خود بهره‌برداری مقطعی داشته باشند. افرادی که در عین رکود علمی، با بی‌اخلاقی سیاسی و نمایش‌های رسانه‌ای کوشیده‌اند تا فرصت تولید علم و به‌تبع آن احساس افتخار ملی و سپهر فرهنگی سیاسی دانشگاه‌ها را آلوده به نگرش جناحی و بعضاً ضدملی کنند. آنچه وزارت علوم در برابر معدود اساتیدی که دچار رکود علمی بوده، اما نقش مهمی در نمایش‌های رسانه‌ای داشته‌اند، صورت داده کاملاً برمبنای موازین قانونی و اداری و البته وظیفهٔ انقلابی این وزارتخانه برای پویایی علمی و فرهنگی دانشگاه‌ها بوده است که جای تقدیر دارد؛ چراکه مسئولیت اساتید دانشگاه‌ها به‌عنوان معیار و تراز در نهاد دانشگاه، ضمن پیشبرد اهداف آموزشی و پژوهشی، احیای حس غرور و سربلندی ملی در دانشجویان است. هرچند جریانات سیاسی که بی‌توجه به ظرفیت جوانان در طی سال‌های تصدی مسئولیت خود، سد راه جوان‌گرائی، نخبه‌گرایی و تغییر در مدیریت فرسودهٔ گذشته بوده‌اند و خود عمده‌ترین دلیل ناامیدی بخشی از جوانان هستند، امروز پوستین وارونه پوشیده و در برابر قانون بایستند. وزارت کشور در راستای رفع موانع و کمک به تصمیم‌سازی وزارت علوم، بهداشت و دانشگاه آزاد در جهت توسعهٔ علمی و افزایش ظرفیت‌های جذب هیئت‌علمی دانشمند، جوان و نخبه و تبدیل دانشگاه‌ها به مهمترین نهاد حل مسائل واقعی کشور و تولید علم بومی نافع، آنچنان که سیاست کلان نظام جمهوری اسلامی در حوزهٔ علم و فناوری بوده است، همواره آماده بوده و تلاش‌های خود را نیز صورت داده است. وزارت کشور به‌سبب وظیفهٔ میانداری خود در نظام حکمرانی کوشیده است تا همهٔ دستگاه‌ها از جمله سازمان اداری استخدامی، سازمان برنامه‌وبودجه و… نسبت به رفع نیازمندی‌های دانشگاه‌ها و ارتقای همه‌جانبهٔ امور از کیفیت تحصیل و خدمات رفاهی دانشجویان و اساتید تا جذب اعتبارات لازم برای تحول و ارتقای نظام دانش و پژوهش، بسیج شوند. شعار «ما می‌توانیم» کلیدواژهٔ پیروزی و عزت در تمامی دوران معاصر و تجربیاتی بوده است که نظام مقدس جمهوری اسلامی از سر گذرانده است. باید با ترویج این فرهنگ متعالی، افق‌های روشنی پیش روی جوانان در دانشگاه‌ها ایجاد شود. انتظار آحاد جامعه از دانشگاه این بوده و است که دانشجو را متخلق، انقلابی، معتقد به آرمان‌ها، دوستدار میهن و نظام، با خودباوری ملی و سرشار از امید و با فهم درست از موقعیت کشور تربیت کند که این مهم باید با محوریت خود دانشگاه‌ها دنبال شود. جامعهٔ دانشگاهیان می‌توانند با تبیین پیشرفت‌های عظیمی که در کشور به‌وقوع پیوسته در نهضت امیدآفرینی در کشور به ایفای نقش پرداخته و تلاش‌های متمرکز دشمن برای یأس و ناامیدی در دانشگاه و به‌تبع آن در جامعه را به شکست بکشانند. بدیهی است همهٔ دستگاه‌های مسئول در کشور در تقویت و تعالی چنین وضعیتی در دانشگاه‌های کشور وظیفه‌مند هستند. از جامعهٔ دانشگاهیان و نخبگان علمی کشور نیز انتظار می‌رود همچون همیشه، با قدرت اراده در مسیر تولید علم و ارتقای فرهنگ بکوشند و در این مسیر به تبلیغات سیاسی و جناحی وقعی ننهند.