قنات‌ها از مرحله ساخت تا مدت‌ها پس از متروکه شدن می‌توانند خطرناک باشند. برای نمونه در مرحله ساخت‌و‌ساز، حفارها (مقنی‌ها) در معرض خطر غرق شدن در زیر فوران و جاری شدن تندِ آب، ریزش و… قرار دارند‌. اما خطر قنات‌ها در دوران رها شدن و وضعیت پنهان در مناطق شهری بسیار جدی‌تر است. این موضوع تا حدی به این دلیل است که کلاهک محافظ شفت‌ها معمولاً فرو می‌ریزد و در نتیجه شکست دیوار، قطر آنها به سمت سطح افزایش می‌یابد. همچنین، می‌تواند تا حدی به این دلیل باشد که شفت‌های ناقص پر شده فرو می‌روند و وضعیت خطرناکی رقم می‌خورد. قنات‌های پنهان ممکن است در حال اجرا یا رها شده باشند. قنات‌ها در مناطق روستایی معمولاً پنهان نیستند و مردم این مناطق کمتر در معرض خطر قرار دارند. بنابراین، خطر قنات در مناطق شهری بسیار متمرکز است.
برابر آمار رسمی، ۴۱ هزار رشته قنات به طول ۴۱ هزار کیلومتر در کشور وجود دارد که به طور متوسط سالانه بین ۴ تا ۶ میلیارد متر مکعب آب از این منابع استحصال می‌شود. بر اثر خشکسالی‌ها ۳۰ درصد آب قنات‌ها در ۱۰ سال اخیر خشک شده‌اند و حدود ۵۰ درصد نیز با کم آبی مواجه هستند. ۱۴ درصد اراضی کشور از قنات‌ها آبیاری می‌شوند. تعداد قنات های در حال اجرا ایران در سال‌های ۱۳۴۵، ۱۳۶۷ و ۱۳۸۹ به ترتیب ۳۸ هزار، ۲۰ هزار و ۱۸ هزار واحد بوده است که نشان دهنده روند خشکسالی است.
نزدیک به ۲۲۰ قنات در پایتخت تهران وجود دارد که بیش از ۹۰ درصد آنها عمدتاً به دلیل گسترش مناطق مسکونی بی‌مصرف شده است. طول کل گالری‌های قنات تهران بیش از ۷۰۰ کیلومتر است‌. ریزش و فرسایش زیرسطحی ناشی از وجود قنات‌های زیرزمینی می‌تواند منجر به فرونشست زمین شود. تا حدود ۷۰ سال قبل قنات‌ بزرگترین تامین کننده آب تهران بوده است. رشد جمعیت و در نتیجه نیاز به آب بیشتر باعث افزایش تصاعدی تعداد چاه‌های آب در شهر و کاهش زیاد آبدهی قنات‌ها و در نتیجه رها شدن بسیاری از قنات‌ها شد. در سال ۱۳۴۵ بیش از ۵۲۲ قنات قابل تخلیه در تهران وجود داشت که در سال ۱۳۸۲ به ۷۶ قنات کاهش یافت. هنوز ۱۰۰ کیلومتر قنات در زیر شهر تهران وجود دارد که برخی از آنها بیش از ۱۳۰ متر عمق دارند. شفت‌های قنات معمولاً در فواصل ۱۵ تا ۲۰ متری و ۰.۸ تا ۰.۹ متر قطر دارند. ابعاد پروفیل کانال عمدتاً ۱.۲در ۰.۹ متر با طول تا ۱۸ کیلومتر است.
یا مثلا در شهر مشهد ۶۳ قنات وجود دارد. در گذشته از این قنات‌ها برای استخراج آب های زیرزمینی مشهد استفاده می شد. اکثر قناتهای مشهد امروزه خشک شده اند. مواردی از فرونشست زمین در اثر ریزش این قنات‌ها در مناطق شهری گزارش شده است.
خصوصیات خاک، سطح آب زیرزمینی، بارگذاری ناشی از ساختارهای سطحی، تراکم شفت‌های عمودی و عمق قنات از عوامل مهم در پدیده ریزش قنات‌ها به شمار می‌روند. با استفاده از ویژگی‌های قنات و بارهای ناشی از سازه‌های سطحی، نقشه احتمالی خطر ریزش و فرونشست قنات‌ها برای بعضی از مناطق شهری ایران مانند تهران و مشهد ارایه شده است.
تخمین زده می‌شود که حدود ۱۰ هزار کیلومتر قنات با ۳۰۰ هزار حلقه چاه در زیر مناطق شهری ایران قرار دارد. تعداد آنها در مناطق شهری سایر کشورهای حاوی آن نیز قابل توجه به نظر می‌رسد. در ایران فرونشست و سایر مشکلات مربوط به چاه‌ها و گالری‌های قنات‌های پنهان سالانه میلیون‌ها دلار خسارت وارد می‌کند. خطر قنات متروک به عنوان یکی از مخاطرات زمین‌شناختی باید شناسایی و راهکارهای کاهش این خطر ارائه شود. البته تمام مشکلات امروزی مرتبط با قنات در مناطق شهری‌، از قبیل فرونشست، فروچاله و آلودگی، منشأ انسانی دارند و مستقیماً به دلیل وجود یا بهره‌برداری یا توسعه قنات به‌وجود نمی‌آیند. به دلیل گسترش شهرها و فشارهای توسعه، قنات‌ها به تدریج در شهرها متروکه و تخریب شده و به عنوان دارایی‌های در معرض خطر تلقی می‌شوند. برای پایداری، علاوه بر نگهداری فیزیکی، جنبه‌های اکولوژیکی و اجتماعی سیستم‌های مدیریت قنات به عنوان ویژگی اصلی زیرساخت‌های آب شهری در ایران نیز باید مورد توجه قرار گیرد.