حتی قبل از قدرت‌گرفتن طالبان نیز امنیت ضعیف، خشکسالی مکرر، فقر و بیکاری در افغانستان گسترده بود. توقف ناگهانی جریان کمک‌ها در قالب کمک‌های بلاعوض (قبلاً 40 درصد تولید ناخالص داخلی)، قیمت مواد غذایی و سوخت را در زمان تسلط طالبان بیش از دو برابر افزایش داد. طالبان درآمدهای فزاینده‌ای (تا 60 درصد) از کشت خشخاش و قاچاق مواد افیونی به‌دست می‌آورند (6.6 میلیارد دلار در سال 2021). مساحت قابل کشت افغانستان 7.7 میلیون هکتار تخمین زده می‌شود که تقریباً 12 درصد مساحت کشور را تشکیل می‌دهد. تخمین کاربری اراضی افغانستان‌ در دهۀ 1990 نشان داد که 3.2 میلیون هکتار آبیاری شده است که 48 درصد آن به‌صورت فشرده و 52 درصد به‌صورت متناوب بوده است. از میان پنج حوضۀ رودخانه، هیرمند دارای بزرگترین حوضۀ آبریز (44 درصد مساحت) کشور است. سازمان ملل متحد تخمین می‌زند که جمعیت کنونی افغانستان تا سال 2050 به حدود 56 میلیون نفر خواهد رسید. چنین افزایشی تقاضا برای منابع آبی کشور را افزایش می‌دهد. علاوه‌بر‌این، تحقیقات اخیر نشان می‌دهد که تغییر اقلیم جهانی می‌تواند الگوهای بارش را در افغانستان تغییر دهد. به‌طور خاص، هم مقدار و هم زمان بارش برف در ارتفاعات بالاتر با تغییرات بیشتر بر منبع اصلی آب، بر بسیاری از مناطق افغانستان اثر می‌گذارد. اقتصاد افغانستان عمدتاً مبتنی‌بر کشاورزی است. کشاورزان افغان که در اقلیم خشک با سودآوری کم و معیشت محدود کار می‌کنند، برای آبیاری محصولات خود و آب‌دادن به دام‌های خود، در تمام طول سال به منابع آب‌های سطحی و زیرزمینی وابسته هستند. جریان‌های فصلی نهرها و رودخانه‌ها که از ذوب برف در ارتفاعات کوه‌های افغانستان تغذیه می‌شوند، سفره‌های آبرفتی واقع در دره‌های پرجمعیت را تغذیه می‌کنند و برای ساکنان شهرها آب آشامیدنی فراهم می‌کنند. افغانستان به‌شدت مستعد خشکسالی است و از سال 1999 تا 2005 دچار خشکسالی شدید بود. کل روستاها با منابع آبی محدود مجبور به ترک زمین و فرار به شهرها و شهرهای بزرگتر شدند. امروز، روستاهای رهاشده در خشکسالی در سراسر کشور یافت می‌شود و مهاجران خشکسالی به‌ جمعیت حاشیه‌نشین افغانستان افزوده شده‌اند. جمع‌آوری داده‌های منابع آب در حدود سال 1980 به‌دلیل درگیری‌های داخلی و تهاجم شوروی به حالت تعلیق درآمد. متعاقباً، بسیاری از دانش نهادی مربوط به منابع آب و اکثر تجهیزات پایش آب کشور از بین رفت. جمعیت کابل بیش از 3.3 میلیون نفر است. اگرچه سه رودخانه از شهر عبور می‌کنند، اما در طول تابستان و پاییز که حجم زیادی از آب برای آبیاری به بالادست هدایت می‌شود، جریان در این رودخانه‌ها به‌شدت کاهش می‌یابد. درنتیجه، کابل برای تأمین آب خانگی و صنعتی عمدتاً به آب‌های زیرزمینی متکی است. منابع آبی آینده در کابل می‌تواند تحت‌تأثیر کاهش حجم برف‌ها و یخچال‌های طبیعی قرار گیرد. نهرها و آب‌های زیرزمینی در بسیاری از مناطق حوضه به‌دلیل سطوح بالای باکتری آلوده شده‌اند. کمبود سرویس بهداشتی و عدم تصفیۀ فاضلاب از منابع مهم آلودگی آب شهری در کابل است.
در اوایل دهۀ 1950، سازمان زمین‌شناسی آمریکا با همکاری یک سازمان آژانس توسعۀ بین‌المللی ایالات متحده، یک برنامۀ اندازه‌گیری جریان در حوضۀ رودخانۀ هیرمند ایجاد کرد. این حوضه یک منطقه بزرگ کشاورزی، حوضۀ آبریز مخزن کجکی، و یک منبع بالقوۀ عمده برق در جنوب افغانستان است. در اواخر دهۀ 1970، افغانستان دارای یک شبکۀ سنجش سطح آب و مخزن متشکل از 169 نهر در سراسر کشور بود. این شبکه تا سال 1980 کار می‌کرد، اما از سال 1980 تا اوایل دهۀ 2000، به‌دلیل اشغال افغانستان و جنگ داخلی، داده‌های این شبکه از بین رفت.
از سال 2006 تا 2010، محققان سازمان زمین‌شناسی آمریکا USGS برای بازیابی داده‌های جریان روزانه از هر سند تاریخی که از بین نرفته بود و قابل یافتن بود، و نزد کارشناسان افغانستانی در خانه‌هایشان نگهداری می‌شد، اقدام کردند. داده‌ها دیجیتالی شدند و در سیستم ملی اطلاعات آب ‌سازمان زمین‌شناسی آمریکا بارگذاری شد. این اطلاعات اکنون از طریق پایگاه دادۀ USGS در دسترس عموم است.
در قرن نوزدهم وزارت امور خارجۀ انگلستان، ژنرال «گلد اسمیت» را مأمور رسیدگی کرد که در سال ۱۸۷۲ رأی داوری خود را بین دعاوی مرزی ایران قاجار و حاکمان وقت افغانستان صادر کند. جملۀ آخر آن مقرر می‌داشت که هیچ‌یک از طرفین نباید به عملیاتی مبادرت کند که باعث کسر آب لازم برای آبیاری سواحل هیرمند شود، اما به تقاضای دولت افغانستان، وزیر امور خارجۀ انگلیس با جلب نظر ژنرال «گلد اسمیت» قرار داوری را به‌گونه‌ای تفسیر کرد که مجاری فعلی یا قدیمی غیرمستعملی را که دولت افغانستان قصد تعمیرشان را داشت، شامل نشود. جملۀ مزبور مانع حفر مجاری جدید نمی‌شد، مشروط بر اینکه مقدار آبی که برای مشروب ساختن قسمت ایران لازم بود، کسر نشود. خلاصۀ رأی حکمیت گلد اسمیت این بود که هر دو کشور ایران و افغانستان باید به‌طور متساوی‌الطرفین از آب هیرمند برخوردار شوند و اگر افغانستان نهرهایی را که از این رود منشعب می‌شوند آباد کند، نباید به زیان حقابۀ ایران باشد. اما در اواخر قرن نوزدهم، تغییر مجاری هیرمند باعث بروز اختلافات جدیدی شد و این اختلافات در سال‌های ۱۲۷۹ تا ۱۲۸۱ خورشیدی به‌سبب کم‌آبی شدت یافت که درنتیجه دولت ایران بار دیگر براساس ماده ششم عهدنامۀ صلح، از دولت انگلیس تقاضای حکمیت کرد. در سال ۱۲۸۱ کلنل «مک‌ماهون» مأمور رسیدگى شد. هم ایران و هم افغانستان شرط گذاشتند که در رأی مک‌ماهون باید نظر گلداسمیت رعایت شود، وگرنه حکمیت را نخواهند پذیرفت.
مک‌ماهون در زمستان ۱۲۸۴شمسی رأی خود را داد که از آب هیرمند که به بند کمال‌خان می‌رسید، دو سوم را به افغانستان و یک‌سوم را به ایران می‌داد و دولتین ایران و افغانستان را مجاز می‌کرد از نهرهای موجود استفاده کنند و نهرهای متروکه را احیا و نهرهای تازه‌ای احداث کنند، مشروط بر اینکه مقدار آبی که برای آبیاری اراضی هر یک از دو کشور لازم باشد، کم نشود.
در حوضۀ رودخانۀ کابل (که در آن بیش از 10 درصد جمعیت کشور زندگی می‌کنند و جریان رودخانه منبع اصلی تغذیۀ آب زیرزمینی است)، رواناب حاصل از برف و یخ در کوه‌های اطراف کاهش می‌یابد، زیرا آب به رسوبات حوضه نفوذ می‌کند یا برای آبیاری منحرف می‌شود. سد کجکی بر روی رودخانۀ هیرمند است. این سد بزرگ که در سال 1953 با راهنمایی و بودجۀ ایالات متحده تکمیل شد، مخزنی با مساحت تقریبی 2200 هکتار ایجاد کرد. مخزن کجکی منبع انرژی آبی (ظرفیت فعلی آن 33 مگاوات) و آبیاری در حوضۀ رودخانۀ هیرمند است که به‌دلیل پرشدن رسوب، ظرفیت ذخیره‌سازی طراحی‌شدۀ آن حدود 1.7 میلیارد مترمکعب کاهش یافته است. افغانستان به بارش برف زمستانی در کوهستان‌ها متکی است تا مناطق برفی و یخچال‌های طبیعی‌ای را که آب رودخانه‌ها و نهرهای دائمی و زودگذر آن را تأمین می‌کند، دوباره پر کند. خشکسالی هیدرولوژیکی یک پدیده طبیعی است که مردم، کشاورزی و معیشت را تحت اثر قرار می‌دهد. برای مدیریت منابع آب ساخت مجموعه‌ای از سدهای کوچک و بزرگ، و همچنین انحراف آب اجرا شده است. اگرچه ساخت سدهای جدید می‌تواند مشکل دبی کم و خشکسالی هیدرولوژیکی را موقتا و در پایین‌دست بلافاصله پس از محل احداث سد تا حدی حل ‌کند، آثار محیط زیستی در مسیر رودخانه در پایین‌دست به شدت به ابعاد مختلف خشکسالی اقتصادی-اجتماعی می‌انجامد.