در جوامع بشری برای ممانعت از اقدام به انجام یک کار، با تمسک به تنبیه و تشویق و آموزش، با مقاومت کمتری روبرو می‌شود. اما چالش جدی به ویژه در حوزه تصمیم‌گیری، سیاست‌گذاری و برنامه‌ریزی زمانی عیان می‌شود که پای اقدامات ایجابی (کارهایی که باید انجام شود) به میان می‌آید. این موضوع در کشاورزی ایران صدق می‌کند. چالش کشاورزی ایران هم اکنون اقداماتی است که باید انجام شود. اقداماتی نظیر تغییر الگوی کشت و سرمایه‌گذاری روی ایجاد و توسعه گلخانه‌های مدرن، با هدف نجات آب‌های زیرزمینی. ارزش‌گذاری و کنترل مصرف آب در مزرعه، از مرحله کاشت تا برداشت.

جلوگیری از ضایعات آب در قالب آب مجازی. تقویت صنایع تبدیلی و تکمیلی برای سرشکن کردن بخشی از نیروی کار کشاورزی در این بخش، در جهت کاستن از وسعت کشاورزی. بهبود کیفیت محصولات با هدف صادرات -از کاشت تا بسته‌بندی- با مشارکت همه مردم فارغ از جنسیت و… از همه مهم‌تر درک مفهوم مزیت نسبی رها کردن کشاورزی از توهم خودکفایی و…. از جمله اقدامات ایجابی است که دولت‌ها تا به امروز مطرح کرده‌اند، اما تا کنون هیچ دولتی آن را اجرا نکرده است.
می‌­توان گفت کشاورزی ایران با شیوه کنونی اداره آن، روی «تردمیل تخریب» ایستاده و با درجا زدن، خسته و از نفس افتاده، منابع و سرمایه‌ها را -هم منابع انسانی و هم منابع طبیعی آب و خاک- به تحلیل برده و این روند مخاطره‌آمیز و بسیار آسیب‌زا همچنان ادامه دارد.
کشاورزی بیش از 70 درصد آب‌های زیرزمینی را مصرف و 40 درصد آن را -چیزی بالغ بر 9 تا 13 میلیارد مترمکعب آب- تبدیل به ضایعات می‌کند. از طرفی ایران در رده کشورهای نخست فرسایش خاک است. حجم زیادی از محصولات کشاورزی، با وجود مصرف کود و سم بالاتر از حد استاندارد، قابلیت صادرات ندارند. عرضه و تقاضا در این حوزه متناسب نبوده و صنایع تبدیلی در مقیاس جهانی حتی برای محصولات خاصی چون زعفران و زرشک، عناب و سماق وجود ندارد.
با وجود همه این نقایص و چالش‌ها؛ مهمترین و اساسی‌ترین مساله در این حوزه، چالش کشاورزی و آب‌های زیرزمینی است. در سالیان اخیر تقریبا هیچ مقام مسئولی در مورد نابودگری کشاورزی به شیوه فعلی سخنی به میان نیاورده است و آنچه هر بار شنیده شده، توسعه کشاورزی و خودکفایی و اشتغال‌زایی بوده است. این در حالی است که فاجعه استخراج آب‌های زیرزمینی با اشتباهات فاجعه‌بار توسعه کشت برنج در استان‌های نیمه خشکی چون فارس، توسعه باغات آب‌بری چون سیب و صیفی‌جات بسیار بیش از نیاز کشور که همه و همه با مصرف بی‌رویه منابع آب زیرزمینی به صورت مجاز و غیرمجاز انجام شده نفس روستاها را بریده و در به‌حال نابودی کشاورزی و زندگی روستایی است.
فاجعه فرونشست زمین نیز یکی از مخاطراتی است که معلول این کشاورزی بیمار است. نکته قابل تامل، خشکسالی در سال آب 199-1400 است که زنگ خطر را به صدا درآورد. در این سال آبی عیان شد که کشاورزی در ایران شغلی ناپایدار و فقر زا است و حکمرانی امنیت غذایی با این شیوه برای برنامه‌ریزی بسیار متزلزل است.
کشاورزی در حالی که از دو منبع حیاتی و زیرساختی کشور یعنی آب و خاک نهایت بهره‌کشی را کرده است، در هیچ زمینه‌ای حرفی برای گفتن ندارد. یک طرف با میلیون‌ها تن محصولاتی مواجه هستیم که با مصرف میلیاردها مترمکعب آب تبدیل به زباله می‌شود، در سوی دیگر با کمبود شدید نهاده‌های دامی و در سویی با قیمت‌گذاری دستوری -که نشانه فقدان سیاست‌گذاری مبتنی بر عرضه و تقاضا و مکانیسم بازار است- روبرو هستیم. کشاورزان نیز با تمام زحمت و تلاش شبانه‌روزی در سیستم کشاورزی سنتی، با فقر و ناپایداری اشتغال دست و پنجه نرم می‌کنند.
هرچند هیچ پژوهشی در مورد اینکه چند درصد از مهاجران حاشیه شهرها کشاورزان فقر زده و آواره و قربانی بی‌آبی هستند، انجام نشده است، اما مشاهدات میدانی در استان‌های خراسان جنوبی، فارس، همدان و سیستان و بلوچستان نشان می‌دهد اغلب این مهاجران، کشاورز و دامدار بوده‌اند. مهاجرت‌های سرگردانی که نتیجه آن برای جوامع مبدا فروپاشی اجتماعی برای خانواده‌هاست، و در جوامع مقصد نیز مشکلات اجتماعی روزافزونی ایجاد می‌کند که مواجهه با چالش‌های آن بسیار بیشتر از سرمایه‌گذاری برای بهبود وضعیت کشاورزی ایران سرمایه می‌طلبد. با وضعیت کنونی و سیاست‌گذاری مبتنی بر توسعه کمی و شعار خودکفایی، کشاورزی ایران روی تردمیل تخریب ایستاده است.