در سال‌های اخیر توسعه گردشگری در بسیاری از مناطق خلیج‌فارس، بیشتر در راستای جذب سریع سرمایه و گردشگر انجام شده و کمتر به اصول پایداری توجه شده است. چالش‌های اصلی شامل نبود برنامه‌ریزی بلندمدت، فشار بر منابع طبیعی، نبود مشارکت جوامع محلی و ضعف در زیرساخت‌هایی همچون دریافت هزینه جهت ورود به جزیره‌ها همچون، هرمز، هنگام، قشم و لاوان است. از چالش‌های دیگر هم می‌توان به نبود سیستم جامع و بانک اطلاعاتی جهت مدیریت این مناطق اشاره کرد یا برنامه‌ریزی ناکافی برای احیا و بازسازی محیط‌زیست این منطقه مانند تالاب‌ها و جنگل‌ها و همچنین نبود برنامه‌های حفاظت از حیات‌وحش مانند جبیر (آهوی بومی ایران)، نبود سیستم مناسب جهت بازیافت و دفن زباله در جزیره‌ها، معماری نامناسب و عدم توجه به سازه‌های بومی جزیره‌ها، عدم تقویت و توانمندی جوامع محلی جهت تولیدات بومی و صنایع‌دستی، فراموش‌شدن جشن‌ها و رسم‌های قوم‌های محلی مثل مراسم زارگیری. این‌ها مواردی از عدم توجه به اصول پایداری در حوزه گردشگری در حوزه خلیج‌فارس است.
از طرف دیگر باید به این موضوع توجه کنیم که گردشگری غیر پایدار باعث آلودگی آب از طریق تخلیه فاضلاب، تخریب سواحل به دلیل ساخت‌وساز بی‌رویه، صدمه به اکوسیستم‌های حساس مانند آبسنگ‌های مرجانی، جنگل‌های حرا و همچنین آسیب به تنوع زیستی می‌شود.
از مشکلات دیگری که حوزه گردشگری شهرها و جزایر خلیج‌فارس دارد توجه به گردشگری انبوه است؛ چون گردشگری انبوه اغلب بر سود کوتاه‌مدت تمرکز دارد و منجر به ازدحام، آلودگی و تخریب محیط می‌شود، درحالی‌که گردشگری پایدار تلاش می‌کند تا اثرات منفی را کاهش دهد، به فرهنگ بومی احترام بگذارد و منافع بلندمدت برای محیط‌زیست و مردم منطقه ایجاد کند. پروژه‌های گردشگری در بسیاری از موارد، استانداردهای زیست‌محیطی یا رعایت نمی‌شوند یا در سطح حداقلی اجرا می‌شوند. نبود نظارت مؤثر، ضعف قوانین اجرایی و اولویت‌دادن به منافع اقتصادی باعث شده تا محیط‌زیست قربانی توسعه بی‌رویه شود. اما به شیوه مختلف می‌توان از منابع طبیعی خلیج‌فارس در زمان‌هایی گردشگران بیشتری به این مناطق رفت‌وآمد دارند؛ محافظت کرد برای مثال با وضع قوانین سخت‌گیرانه زیست‌محیطی، محدودکردن تعداد بازدیدکنندگان در مناطق حساس، آموزش گردشگران، استفاده از فناوری‌های سبز و مهم‌تر از همه، مشارکت فعال جوامع محلی در حفاظت و مدیریت منابع طبیعی از راه‌هایی است که می‌توان محیط‌زیست و آثار این منطقه را از گردشگری آسیب‌زا تا حدی نجات داد.
از سوی دیگر در بیشتر مناطق، سهم جوامع محلی از درآمد گردشگری ناچیز است؛ شرکت‌های بزرگ همچون علی‌بابا و جاباما یا سرمایه‌گذاران خصوصی عمدتاً منافع را جذب می‌کنند. برای بهبود این وضعیت، باید سیاست‌های حمایتی از کسب‌وکارهای محلی، آموزش و مالکیت اجتماعی اجرا شود تا بتوان در جوامع محلی حساسیت بیشتری برای حفظ محیط‌زیست و آثار جزایر حوزه خلیج‌فارس ایجاد کرد.
چون نمونه‌های موفق در گردشگری پایدار در دریای سرخ (در اردن و مصر) وجود دارد؛ گردشگری پایدار باتکیه‌بر حفاظت از صخره‌های مرجانی و توسعه زیرساخت‌های سازگار با محیط پیاده‌سازی شده است. در خلیج مکزیک، پروژه‌های اکوتوریسم جوامع بومی را به‌عنوان ذی‌نفع اصلی وارد کرده‌اند؛ بنابراین خلیج‌فارس می‌تواند از این تجربیات در زمینه آموزش، کنترل ظرفیت گردشگر و مدیریت مشارکتی بهره ببرد.
همچنین ما با کاهش تقاضای گردشگر هم مواجه هستیم؛ اگر بخواهیم عواملی که سبب کاهش تقاضای اکوتوریسم در این منطقه می‌شود را بررسی کنیم می‌توانیم به عواملی مانند عدم امکانات و تسهیلات کافی، محدود بودن مکان‌های اقامتی، نگرش و دیدگاه منفی اهالی روستاها و جزایر نسبت به استقبال گردشگران از یک منطقه گردشگری اثر می‌گذارد. یکی دیگر از عواملی که بازدیدکنندگان به‌خصوص بازدیدکنندگان بین‌المللی را از بازدید منطقه مأیوس می‌کند، کشمکش سیاسی و شایعه عدم وجود امنیت در منطقه به دلیل وجود مراکز نظامی، نفتی و نیروگاه متعدد وابسته به آن است.
راه‌های مختلفی برای کسب درآمد از طریق گردشگری در مناطق مختلف خلیج‌فارس وجود دارد که می‌توان به چندین مورد اشاره کرد:
اقامتگاه؛ یکی از بیشترین هزینه‌های مسافران، اقامتگاه است. برخی از این جزایر و شهرهای ساحلی کمپینگ و کلبه دارند و از بازدیدکنندگان پول می‌گیرند. هزینه اقامتگاه می‌تواند یکی از بزرگ‌ترین منابع درآمد موجود برای مناطق باشد.
تجهیزات و غذا؛ غالباً تفرج در فضای باز به تجهیزات ویژه‌ای نیاز دارد که حمل‌ونقل بیشتر آنها در مسافت‌های طولانی، مشکل است؛ بنابراین تدارک چنین تجهیزاتی در این مناطق چه به‌صورت فروش یا اجاره می‌تواند منبع درآمد محسوب شود. خرید غذا یکی از مخارج اصلی مسافران است و مناطق می‌توانند درآمد قابل‌توجهی از این منبع کسب کنند.
فروش کالا و صنایع‌دستی؛ فروش کالا یک منبع بسیار بزرگ درآمد جزایر و مناطق ساحلی جنوب ایران است؛ ولی به‌ندرت از آن استفاده می‌شود. به‌هرحال در سال‌های اخیر، فروش کالاهای مخصوص مناطق مثل لباس و صنایع‌دستی کاملاً موفق بوده است.
ورودیه سایت‌های گردشگری؛ بیشتر جزایر و سایت‌های گردشگری مبالغی را به‌صورت ورودیه به ازاء هر شخص یا وسیله نقلیه یا هر دو دریافت می‌کنند. غالباً برای این خدمات، یک نوع هزینه استفاده ویژه به کار می‌رود تا هزینه تدارکات را جبران کند. در بیشتر سیستم‌های مناطق حفاظت شده، ورودیه‌ها و هزینه‌های گردشگری بخش عمده‌ای از درآمد سایت‌ها و جزایر است. حتی در کشورهای ثروتمندتر، جزایر ورودیه‌ها را وضع می‌کنند، چرا که بودجه دولتی تمام هزینه‌های مدیریت را جبران نمی‌کند. در کشورهای درحال‌توسعه معمولاً درآمد ورودیه برای بقا سازمان مدیریت منطقه، موضوعی حیاتی است.
هزینه مربوط به مدیریت خدمات تفرجی در یک سایت گردشگری در مناطق حساس جزایر باید در ورودیه استفاده‌کنندگان منظور شود. مطالعات زیادی نشان داده است که بازدیدکنندگان از مناطق بکر و کمتر دست‌نخورده عموماً به پرداخت مبلغ بالاتر نسبت به آنچه که در حال حاضر در کشورهای درحال‌توسعه گرفته می‌شود، گرایش دارد.