مرکز پژوهش‌های مجلس در گزارشی اعلام کرده است که عملکرد حمل‌ونقل ریلی کشور علیرغم افزایش خطوط ریلی، نسبت به دو دهۀ گذشته قابل قبول نبوده است. از مهمترین دلایل عدم افزایش سهم حمل بار و مسافر در شبکه ریلی می‌توان به کمبود زیرساخت، کمبود ناوگان و بهره‌وری پایین خطوط ریلی موجود، عدم اجرای ظرفیت‌های قانونی موجود، سیاست‌های تعرفه‌ای و هزینه‌ای غیراقتصادی، عدم تناسب بین فراگیر بودن شبکۀ ریلی در مقایسه با جاده‌ای، یارانه‌های پنهان سوخت در حمل‌ونقل جاده‌ای و عدم تحقق همزمان الزامات ناوگانی و زیرساختی اشاره کرد. این گزارش همچنین می‌گوید یارانه‌های پنهام سوخت در حمل‌ونقل جاده‌ای مانع از توسعۀ حمل‌ونقل ریلی کشور شده است.

دفتر مطالعات زیربنایی مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی در گزارشی با عنوان «گزارش نظارتی ارزیابی وضعیت زیرساخت‌های حمل‌ونقل ریلی کشور» با انتشار گزارشی برآورد کرده است که نگهداری و تعمیرات (نگهداشت) شبکۀ ریلی در دو بخش خط و سازه‌های فنی و ارتباطات و علائم الکتریکی صرفاً در بخش‌های بحرانی و الزام‌آور، سالانه اعتباری بالغ بر 6 هزار میلیارد تومان نیاز دارد. این درحالی‌است که کل اعتبار واگذارشده به این حوزه از محل طرح‌های عمرانی مرتبط با بهسازی و نوسازی در سال 1401، جمعاً حدود 1.1 هزار میلیارد تومان بوده است.»
این گزارش می‌گوید علاوه‌بر نگهداری و تعمیرات خطوط شبکۀ ریلی، براساس تجربیات فنی و شرایط بهره‌برداری کشور، خطوط ریلی هر 15 سال یک‌بار نیازمند بهسازی هستند و هر 40 سال یکبار نیز به بازسازی نیاز دارند. هزینۀ هر کیلومتر بهسازی خطوط ریلی معادل 3 میلیارد تومان و هزینۀ هر کیلومتر بازسازی برابر 10 میلیارد تومان در سال 1400 برآورد شده است. باتوجه‌به طول خطوط اصلی شبکۀ ریلی باید سالانه 800 کیلومتر بهسازی و 300 کیلومتر بازسازی صورت پذیرد. این درحالی‌است که طی دهۀ گذشته به‌دلیل کافی‌نبودن اعتبارات مورد نیاز، به‌طور میانگین سالانه 140 کیلومتر عملیات بهسازی و 120 کیلومتر بازسازی انجام شده است. درواقع در هر سال 660 کیلومتر عقب‌ماندگی بهسازی (83 درصد) و 180 کیلومتر عقب‌ماندگی بازسازی (60 درصد) خطوط شبکۀ ریلی به تکالیف انباشته، اضافه شده است.
مرکز پژوهش‌های مجلس تأکید می‌کند: «یکی از مهمترین دلایل وضعیت بحرانی کیفیت شبکۀ حمل‌ونقل ریلی کشور، وقوع آسیب‌های انباشته ناشی از عدم اقدام به‌موقع در سنوات گذشته است که اهمیت توجه به بحث نگهداشت و ضرورت تأمین مالی به‌موقع را نشان می دهد.»

در مسیر ریلی کشور باید سالانه 800 کیلومتر بهسازی و 300 کیلومتر بازسازی صورت گیرد. این درحالی‌است که طی دهۀ گذشته به‌دلیل کافی‌نبودن اعتبارات مورد نیاز، به‌طور میانگین سالانه 140 کیلومتر عملیات بهسازی و 120 کیلومتر بازسازی انجام شده است. درواقع، در هر سال 660 کیلومتر عقب‌ماندگی بهسازی (83 درصد) و 180 کیلومتر عقب‌ماندگی بازسازی (60 درصد) خطوط شبکۀ ریلی به تکالیف انباشته، اضافه شده است

این گزارش عنوان می‌کند که به‌رغم اینکه اغلب طرح‌هایی که در چند سال اخیر به بهره برداری رسیده، مراکز استان‌های مهم را به شبکه ریلی متصل کرده و یا در مسیر ترانزیتی قرار داده است، اما ظواهر امر حاکی از عدم کارایی لازم در این طرح‌هاست. اگرچه اتصال مراکز استان‌ها و بهره‌مندی هموطنان از شبکۀ ریلی از اهداف برنامه‌ریزی حمل‌ونقل است، لیکن باتوجه‌به محدودیت‌های تأمین مالی، اولویت تخصیص اعتبار طرح‌های ریلی باید براساس رشد اقتصادی، میزان بار ریل‌پسند، ملاحظات آمایش سرزمین و اولویت‌های ترانزیتی کشور تعیین شود.
در بخشی از این گزارش به صراحت قید شده است: «حال حاضر بسیاری از طرح‌های موجود در قانون بودجه فاقد توجیه بوده و صرفاً باعث اتلاف منابع کشور می شود.»
براساس این گزارش، ارتقای وضعیت شبکۀ حمل‌ونقل ریلی در کشور همواره با مشکلات اساسی همچون کمبود اعتبارات، عدم توجه به دسترسی تمام بنادر به راه‌آهن، فرسودگی و افزایش خرابی زیرساخت‌ها و ناوگان ریلی، افزایش نرخ ارز و هزینۀ بالای تأمین قطعات و ماشین‌آلات به‌دلیل تحریم‌ها روبه‌رو است. از طرفی فقدان مدل مصوب و عملیاتی و اسناد بالادستی از دلایل افزایش قابل توجه هزینه‌های عمرانی در کشور است، چرا که اولویت‌های توسعۀ زیرساخت‌های حمل‌ونقل ریلی و سایر حوزه‌ها به‌درستی تعیین نمی‌شود و فشارها و اعمال نظر برخی نمایندگان و مسئولین استانی در تعریف پروژه‌های کم‌اهمیت و فاقد اولویت بار مالی اضافی به دولت وارد کرده است. به‌علاوه، طرح‌های عمرانی از سوی یک مرجع واحد تصویب نمی‌شوند و بعضی از ردیف‌ها از طرحی به طرح دیگر که اعتبار بیشتری دارد منتقل می‌شوند و برخی از طرح‌های پیوست قانون بودجه نیز فاقد مجوز ماده 23 هستند. از دیگر اشکالات موجود می‌توان به کمبود اعتبارات و ضعف تضامین در پروژه‌های مهم و پرتردد، اولویت‌دهی به برخی پروژه‌های پر هزینه و فاقد توجیه و وجود پروژه‌های موازی اشاره نمود که به‌دلیل ضعف نظارت بر فرآیند تصویب و کنترل طرح‌های ریلی روی می‌دهد.
گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس توضیح می‌دهد که انجام مطالعات امکان‌سنجی طرح‌ها و توسعه‌پذیری مناطق، تعیین نقش نواحی مختلف از نظر تقسیم کار ملی و استقرار فعالیت‌های مختلف و امکانات زیربنایی و به‌طور کلی بررسی دقیق موضوع آمایش سرزمین از نکات مهمی دیگری است که باید در تعریف طرح‌ها به‌صورت الزام درآید: «از طرفی تطویل و سنواتی‌شدن طرح‌ها یکی از عواقب تعدد طرح‌های زیرساختی است که موجب واردآمدن هزینه‌های سربار به‌دلیل افزایش هزینۀ تمام‌شده، افت کیفیت، تضعیف پیمانکار، عدم بازدهی پروژه و مغفول‌ماندن طرح‌های مهم و اولویت‌دار می شود. اقدام اساسی و لازم در این زمینه، اولویت‌بندی و غربالگری طرح‌های در دست اجرا، حذف پروژه‌های فاقد توجیه و توقف طرح‌های کم‌بازده و با درصد پیشرفت پایین است.»
گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس در بخشی دیگر می‌گوید: «همچنین، در تعریف و تکمیل طرح‌های عمرانی لازم است به نقش آن‌ها در توسعۀ تولید و چرخۀ اقتصادی توجه وی‍ژه‌ای مبذول شود و طرح‌هایی که اثرات پسینۀ بیشتری بر رشد ارزش‌افزوده و پیشرفت اقتصادی کشور در پی دارند، در اولویت تخصیص بودجه قرار گیرند. در این زمینه، مهندسی ارزش به‌عنوان یکی از الزامات افزایش بهره‌وری و بهبود طرح‌ها علیرغم لازم‌الاجرابودن در کشور به‌درستی رعایت نمی‌شود. از سوی دیگر، روش قانونی برای حذف پروژه‌های با پیشرفت فیزیکی کم یا فاقد اولویت از منظر مهندسی ارزش، وجود ندارد. بنابراین، انجام مطالعات مهندسی ارزش و استفاده از نتایج آن باید در ارزیابی و تعریف طرح‌ها و همچنین حذف پروژه‌های بدون توجیه به‌صورت الزام در قوانین لحاظ شود. همچنین، در سال‌های اخیر مشارکت بخش خصوصی در توسعۀ زیرساخت‌های کشور بسیار ضعیف بوده است و موانع اصلی جذب سرمایه‌گذار مانند نقص قوانین در مورد تکمیل طرح‌های نیمه‌تمام، نرخ پایین بازگشت سرمایه، فقدان مشوق‌های کافی، ضعف بیمه و تضمین و … باید مورد بررسی قرار گیرد. همچنین منظور جلب مشارکت بانک‌ها و سایر منابع مالی و جذب سرمایه‌گذاران بخش خصوصی در طرح‌های عمرانی باید اقدامات مقتضی از جمله اصلاح قانون احداث پروژه‌های عمرانی و آیین‌نامۀ اجرایی آن، ایجاد تضامین و مشوق‌های کافی سرمایه‌گذاری در جهت افزایش سودآوری طرح‌ها و تأمین منابع مالی مورد نیاز صورت گیرد.»