اقامتگاه‌های بومگردی پدیده‌ای نوظهور در صنعت گردشگری ایران‌اند که برای ادامهٔ فعالیت خود، بیش از هر چیز، نیازمند توجه و حمایت نهادهای اجرایی مرتبط هستند. در غیر این صورت، چالش‌ها و موانع پیش‌روی آن‌ها می‌تواند مسیر توسعه این حوزه را مسدود کند.
یکی از اصلی‌ترین مشکلات اقامتگاه‌های بومگردی، فرایند زمان‌بر و پرچالش صدور و تمدید مجوز فعالیت آن‌هاست. این مجوزها اغلب توسط کارشناسانی صادر می‌شود که آشنایی کافی با شرایط واقعی این اقامتگاه‌ها ندارند و همین مسئله باعث فشار مضاعف بر صاحبان آن‌ها می‌شود. این در حالی است که در همان روستا، برخی دیگر از ساکنان، خانه‌های شخصی خود را بدون مجوز رسمی در اختیار گردشگران قرار می‌دهند و درآمدزایی می‌کنند.
گردشگران، به دنبال سادگی، آرامش و فضای بکر روستاها هستند؛ اما الزاماتی که کارشناسان برای دریافت یا تمدید مجوز وضع کرده‌اند، نه‌تنها با این روح ساده‌زیستی سازگار نیست؛ بلکه برای بسیاری از صاحبان اقامتگاه‌ها دست‌وپاگیر و غیرعملی است. الزاماتی مانند توری مش در آشپزخانه یا اتاق‌ها، وجود کپسول آتش‌نشانی، سند مالکیت، بیمه مسئولیت مدنی و بیمه آتش‌سوزی، از جمله شرایطی هستند که اغلب مورد توجه و مطالبهٔ مستقیم گردشگران نیستند، اما از سوی دستگاه‌های نظارتی به‌شدت پیگیری می‌شوند.
نتیجه این شرایط، انصراف بسیاری از متقاضیان از دریافت مجوز و عدم تمدید مجوز از سوی برخی دیگر است. این روند، زمینه را برای شکل‌گیری رقابتی ناسالم میان اقامتگاه‌های مجوزدار و خانه‌های اقامتی فاقد مجوز فراهم کرده است؛ رقابتی ناعادلانه که هر روز بر تعداد بازیگران غیررسمی آن افزوده می‌شود. متأسفانه در این میان، نهادهایی چون اداره اماکن و میراث‌فرهنگی نیز واکنش مؤثری در برابر فعالیت‌های بدون مجوز نشان نمی‌دهند
چالش دیگری که اقامتگاه‌های بومگردی با آن دست‌به‌گریبان‌اند، نبود همکاری مؤثر از سوی دهیاری‌هاست. باوجود ظرفیت‌ها و امکاناتی که در اختیار دهیاری‌هاست، گاهی شاهد عدم همراهی یا بی‌تفاوتی آن‌ها در قبال فعالیت اقامتگاه‌ها هستیم. حال‌آنکه اگر این همکاری شکل بگیرد، کیفیت خدمات اقامتگاه‌ها و سهم آن‌ها در توسعهٔ گردشگری روستایی به شکل چشمگیری افزایش می‌یابد.
رونق گردشگری روستایی می‌تواند نه‌تنها از مهاجرت روستاییان به شهرها جلوگیری کند، بلکه در مواردی موجب مهاجرت معکوس و بازگشت جوانان به روستاها شود. ازاین‌رو، وضعیت اقامتگاه‌های بومگردی تنها به‌عنوان یک مسئله صنفی مطرح نیست، بلکه دارای ابعاد گسترده اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی است که باید در سیاست‌گذاری‌های محلی و ملی مورد توجه ویژه قرار گیرد.