یکی از مهمترین سوء‌اثرات آب‌شیرین‌کن‌ها بر محیط‌زیست، تخلیه پساب با شوری بالا به محیط دریا است. همچنین، تأسیس آب‌شیرین‌کن‌ها در مکان مناسب و ارزیابی اثرات محیط‌زیستی آنها اهمیت شایانی دارد. اینها نکاتی بود که در «دوازدهمین کنفرانس تخصصی ملی اقتصاد کشاورزی» بیان شد و پس‌ازآن عنوان شد که در زمینه حفظ محیط‌زیست هیچ سرمایه‌گذاری‌ای سودمندتر از تعالی سطح دانش و آگاهی مردم، ایجاد وجدان بیدار در جامعه نسبت به ماهیت و موجودیت منابع نخواهد بود. در مقاله‌‌ای که با عنوان «ارزیابی اثرات محیط‌زیستی آب‌شیرین‌کن‌ها با استفاده از روش ارزیابی اثرات سریع در سواحل جنوبی ایران» در این کنفرانس ارائه شد، بیان شد: «مناسب بودن یا نامناسب بودن موقعیت احداث آب‌شیرین‌کن‌های مطالعه‌شده براساس میزان پایداری با استفاده از روش ویکور و با روش مقایسه‌ای انجام گرفت. در مطالعه حاضر غلظت فلزات سنگین سرب، مس، کادمیوم و جیوه در دستگاه‌های آب‌شیرین‌کن رسوبات سواحل دریای عمان، قشم و بوشهر اندازه‌گیری و میانگین غلظت فلزات سرب، مس، کادمیوم و جیوه در رسوبات ایستگاه‌ها به‌ترتیب معادل ۱/۳۱، ۲۰/۹۹، ۰/۵۲ و ۰/۲۶ ppm در مجموع نتایج مطالعه حاضر نشان داد غلظت فلزات مورد مطالعه در دو ایستگاه قشم و خلیج چابهار بالاتر از سایر نقاط است و درباره میانگین غلظت این فلزات در رسوبات مناطق تحت بررسی با استانداردهای جهانی نشان داد سطح غلظت این فلزات سنگین به‌جز غلظت فلز مس که از سطح LAL بالاتر بود، از حد استانداردهای اشاره‌شده در سطح پایین‌تری قرار داشت. با استفاده از نتایج این مطالعه می‌توان به درک بهتری از میزان اثرات محیط‌زیستی آب‌شیرین‌کن‌ها در سواحل جنوبی ایران و مقایسه آب‌شیرین‌کن‌های مطالعه‌شده باهم از نظر میزان پایداری محیط‌زیستی رسید.»

۶۰ درصد آب‌شیرین‎کن‌ها در خاورمیانه
اما به‌نظر می‌رسد این فقط ایران نیست که اکوسیستم و محیط‌زیست خلیج‌فارس را با احداث آب‌شیرین‌کن‌ها تحت‌تأثیر قرار می‌دهد. ارزیابی‌های صورت‌گرفته نشان می‌دهد ۶۰ درصد آب‌شیرین‌کن‌های دنیا در خاورمیانه قرار دارد و حدود ۹۸ درصد از آبی که به قصدشیرین‌سازی در خلیج‌فارس و دریای عمان برداشت می‌شود، توسط پنج کشور حوزه خلیج‌فارس یعنی عربستان، کویت، قطر، امارات و عمان، برداشت می‌شود و ایران در این میان سهمی دو درصدی دارد.
در‌ آخرین روز از هفته گذشته مدیرکل دفتر تحقیق، توسعه و فناوری اطلاعات شرکت مدیریت منابع آب ایران در مدرسه فصلی آب و محیط‌زیست نیز اعلام کرد بیشترین آب‌شیرین‌کن‌های جهان در حاشیه خلیج‌فارس قرار دارند. «مجتبی نوری» گفته بود: «تأمین آب پایدار نیازمند تفکر و استفاده از روش‌های نوین است و در شرایط فعلی بهترین راهکار استفاده از آب‌های نامتعارف است که باید با برنامه‌ریزی دقیق و مدیریت صحیح به‌کار گرفته شوند. باید از بخشی‌نگری و تصمیم‌گیری‌های مقطعی پرهیز کرد و به تمامی ابعاد موضوع به‌طور سیستمی توجه داشت. در مورد آب باید بر اقتصاد چرخشی تمرکز کنیم. اقتصاد چرخشی به ما کمک می‌کند تا با بازیافت و استفاده مجدد از منابع، مصرف آب را بهینه و از هدررفت آن جلوگیری کنیم.»
به‌گفته او، باید بادقت و بررسی کارشناسی، از صرف هزینه‌های بیهوده از بیت‌المال خودداری شود و تمرکز بر حل مسائل واقعی باشد. درواقع، استفاده از فناوری باید به‌گونه‌ای باشد که به حل مسئله منجر شود، نه اینکه فقط هزینه اضافه ایجاد کند. در کنار استفاده از آب‌های نامتعارف، باید به کیفیت آب و تأثیر آن بر محیط‌زیست توجه ویژه‌ای داشته باشیم. مدیرکل دفتر تحقیق، توسعه و فناوری اطلاعات شرکت مدیریت منابع آب ایران گفت: افزایش آگاهی مردمی در زمینه مصرف بهینه آب و حفظ محیط‌زیست از جمله اهداف مهم این مدارس است و تنها با همکاری و همفکری می‌توان مسائل و مشکلات موجود در این حوزه را به‌طور پایدار حل کرد.

آب شیرین‌کن‌ها فرصت یا تهدید؟
همچنین، در این برنامه «احسان کامرانی»، معاون استاندار هرمزگان، نیز گفت: «تغییراقلیم نه‌تنها در منطقه ما بلکه در سطح جهانی احساس می‌شود، در این شرایط باید به نکات بین‌المللی و منطقه‌ای و نیز چاره‌اندیشی برای تأمین آب برای محیط‌زیست و دیگر چالش‌های مرتبط با آن نیز توجه کرد. ورودی‌های آب کشور ما به‌شدت وابسته به بارش‌ها است و این مسئله در کشور ما بسیار نگران‌کننده است. ازاین‌رو، نیاز مبرمی به جست‌وجوی راه‌حل‌های مناسب احساس می‌شود. آب‌شیرین‌کن‌ها می‌توانند منابع مهمی برای تأمین آب شرب در کشور باشند و تأثیر آب‌شیرین‌کن‌ها بر سواحل بندرعباس بررسی شود که بیش از دوسوم آب‌شیرین‌کن‌های دنیا در خلیج‌فارس قرار دارد و این ظرفیت می‌تواند تحولی عظیم در حوزه اقتصادی دریاپایه در کشور ایجاد کند.»
معاون استاندار هرمزگان با تأکید بر ضرورت بهره‌گیری از تکنولوژی‌های روز دنیا، خواستار توجه به آب‌شیرین‌کن‌ها به‌عنوان یکی از راهکارهای مهم در مدیریت منابع آبی و بهبود وضعیت اقتصادی هرمزگان شد.
گفته‌های معاون استاندار درحالی‌است که حتی با در نظر نگرفتن پیامدهای محیط‌زیست دریا درصورت توسعه آب‌شیرین‌کن‌ها دولت در حال حاضر با انباشت بدهی به شرکت‌های آب‌شیرین‌کن مواجه است. بااین‌حال، یکی از محورهایی که حتی برای توسعه سواحل مکران مطرح می‌شود، تکیه بر تأمین آب به‌واسطه آب‌شیرین‌کن‌هاست.
درخواست معاون استاندار هرمزگان برای توسعه آب‌شیرین‌کن‌ها درحالی‌است که در اغلب این تأسیسات پساب‌ها به غیرعلمی‌ترین روش یعنی برگشت به دریا بعد از شیرین کردن آب، آسیب‌های جبران‌ناپذیری را متوجه زیست‌بوم خلیج‌فارس می‌کنند. این فرایند صنعتی علی‌رغم سودمندی‌ها، دارای آثار منفی بر محیط‌زیست نیز است، که از این جمله می‌توان به اثرات ناشی از پساب تأسیسات شیرین‌سازی آب، مصرف انرژی بالا، تأثیر در بالا بردن دمای آب ساحل، اشغال ساحل برای نصب تأسیسات کارخانه به‌جای کاربری‌های تفریحی و توریستی، اثرات منفی بر سفره‌های آب، آلودگی ناشی از نشت مواد نفتی از تأسیسات کارخانه به ساحل و آلودگی هوا را نام برد.