تیرماه سال ۱۳۹۹ دستگاه قضایی به مالک ساختمان هشدار داد که حق تخریب یا آسیب زدن به این بنا را ندارد و درنهایت با پیگیری میراث‌فرهنگی و فعالان این حوزه، بیمارستان برای بار دوم در مرداد ۱۳۹۹ در فهرست آثار ملی ثبت شد. این بیمارستان اما باز هم در مرداد ۱۴۰۰ دچار آتش‌سوزی شد که این بار، رئیس یگان حفاظت میراث‌فرهنگی کرمانشاه اعلام کرد این آتش‌سوزی به‌دلیل آتش گرفتن دو مبل کهنه صورت گرفته و عمدی نبوده است.
به‌دلیل اصرار مالک برای تخریب و تغییر کاربری و همکاری نکردن با میراث‌فرهنگی، بیمارستان بدون احیا و بازسازی به حال خود رها شد تا جایی که حتی در و پنجره‌های آن به سرقت رفت. سال ۱۴۰۱ «داریوش فرمانی»، مدیرکل میراث‌فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری کرمانشاه، اعلام کرد این بنا به مرمت اضطراری نیاز دارد و این اداره به‌دنبال حصول توافق با مالک بنا برای انجام این کار و سپس احیای ساختمان بیمارستان و ارائهٔ طرح درآمدزایی از آن است.
معاون میراث‌فرهنگی کرمانشاه در گفت‌وگو با «ایسنا» اعلام کرده بود این بنای تاریخی با استفاده از بیل مکانیکی تخریب شده است. آن‌طورکه «کیومرث خانی لعل‌آبادی» گفته بود مالک بنا طی دو سه سال گذشته با شکایت در دیوان عدالت اداری به‌دنبال خروج مجدد این بنا از فهرست آثار ثبت‌ملی‌شدهٔ ایران بود که موفق به این کار نشد و به‌نظر می‌رسد با در دست داشتن همین شکایت توانسته از شهرداری مجوز تخریب آن را بگیرد.
همان زمان مدیرکل میراث‌فرهنگی کرمانشاه به «پیام ما» درباره این اتفاق گفته بود: «بیمارستان مسیح ثبت ملی شده بود و مالک با پیگیری‌های زیاد یک بار آن را از فهرست ثبت ملی خارج کرد که بعد از این خروج، بیمارستان آسیب زیادی دید و شاید حدود یک‌سوم بیمارستان در همین دوران تخریب شد. با پیگیری‌های میراث‌فرهنگی دوباره باقی‌ماندهٔ بیمارستان ثبت ملی شد. بعد از ثبت، ما پیگیری‌های زیادی از مالک و وکیل داشتیم که بنا را احیا و بهره‌برداری و حتی به سرمایه‌گذار واگذار کنیم، اما متأسفانه مالک هیچ انگیزه و تمایلی برای این کار نداشت و تمام تلاشش تخریب اثر بود.»
«داریوش فرمانی» با بیان اینکه مالک دوباره به دیوان عالی شکایت کرده است و با همین شکایت توانسته رأی شهرداری را بگیرد، توضیح داده بود که اطلاع نداشتند مالک شکایت کرده: «براساس همین شکایت، دیوان رأی داده بود تا شهرداری پروانهٔ بهره‌برداری صادر کند. شهرداری هم مجوز داده بود و مالک با همین مجوز توانست بقیهٔ بیمارستان نیمه‌مخروبه را تخریب کند.»
حالا «حمیدرضا کریمی»، دادستان عمومی و انقلاب استان کرمانشاه در رابطه با این موضوع می‌گوید در مدت زمانی که میراث فرهنگی، بیمارستان مسیح را ثبت ملی کرده بود هیچ اقدام خاصی جهت مرمت و نگهداری این بنا انجام نشد: «مالک که فردی از اقلیت‌های مذهبی است در سال ۱۳۸۸ دعوایی را در دیوان عدالت اداری در مورد این بیمارستان مطرح کرد که بر اساس آن دیوان عدالت اداری در مورخ ۹ اردیبهشت ۱۳۸۸ حکمی مبنی بر ابطال تصمیم میراث فرهنگی برای ثبت ملی بیمارستان مسیح صادر کرد.»
کریمی اضافه می‌کند: «در تاریخ ۱۳ اردیبهشت ۱۳۹۵، سرپرست میراث و فرهنگی کشور با ارسال نامه‌ای خطاب به شعبه ۱۴ اجرای احکام دیوان عدالت اداری اعلام کرد که نسبت به رای دیوان استنکاف نکرده، تمکین می‌کنیم و مانع اجرای حکم نمی‌شویم.»

به گفته او، این بنا به صورت متروکه رها و محل تجمع معتادها شده بود، حتی قسمتی از اموال آن به سرقت رفته و دو مرتبه آتش‌سوزی در این محل صورت گرفته بود: «طبق آخرین رای دیوان عدالت اداری این ملک از ثبت ملی خارج شده است. دیوان عدالت اداری به دلیل اینکه ملک شخصی بوده و از زمان قاجار در مالکیت این خانواده است حکمی صادر و شهرداری را مکلف کرد که مجوز تخریب و ساخت و ساز این ملک را صادر کند.»
او می‌گوید طبق حکم دیوان عدالت اداری، «شهرداری» مکلف به صدور مجوز ساخت و پروانه ساختمانی شده بود که از طریق شهرداری به این رای «اعتراض» می‌شود: «پس از بررسی مجدد پرونده، شعبه ۳۷ دیوان عدالت اداری در تاریخ ۹ آذر ۱۴۰۲ رای را عینا تایید می‌کند. شهرداری مجوز تخریب و عملیات ساختمانی را صادر کرده و تمام کارها بر اساس آرا و مدارک قانونی صورت گرفته است. البته آثاری از بیمارستان تاریخی باقی نمانده بود و فقط مالک خرابه‌ها را پاکسازی کرده است.»