طبق اظهارنظر مسئولان، طرح مرمتی مسجد ماشه نخستين بار در سال ۱۳۷۸ مطرح شد و بازسازی آن مورد توجه قرار گرفت و بخشی از آن با اعتبار ۴۰ میلیون تومان مرمت شد، اما به‌دلیل تأمین‌نشدن اعتبار کافی، نیمه‌کاره رها شد تا در سال ۱۳۸۹ مرمت آن یک‌بار دیگر از سر گرفته شود و این‌بار مبلغ ۸۰ میلیون تومان اعتبار برای مرمت آن اختصاص داده شد.

بنابر اظهارات «عبدالرضا نصیری»، مدير پايگاه ميراث‌فرهنگی جزاير خليج‌فارس در سال ۱۳۸۹، قرار بود مسجد ماشه پس از مرمت تبدیل به موزه قرآن و نسخ خطی شود، اما پس از واگذاری جزیره کیش به سازمان مناطق آزاد این موضوع مسکوت ‌‎ماند.

۹ سال بعد، یعنی در سال ۱۳۹۸، یک‌بار دیگر موضوع مرمت مسجد ماشه مطرح شد و این‌بار «ماهان مدون»، مدیر توسعه گردشگری و میراث‌فرهنگی معاونت گردشگری سازمان منطقه آزاد کیش، اعلام کرد: «مرمت و بازسازی این مسجد از محل اعتبارات سازمان منطقه آزاد کیش، با هماهنگی سازمان میراث‌فرهنگی و شناسایی پیمانکار واجد شرایط، در حال انجام است و انجام امور اولیه برای تبدیل این مسجد به موزه قرآن و نسخ خطی برنامه‌ریزی شده است.» او دو سال پس از این خبر، یک‌بار دیگر از مرمت مسجد ماشه در کنار سه اثر ثبتی دیگر خبر داد و گفت: «مسجد امیر و ماشه از دیگر طرح‌های مرمتی سازمان منطقه آزاد کیش است که انتظار داریم مرمت مسجد ماشه در یک ماه آینده به پایان برسد.»

سه سال پس از اعلام این خبر، یعنی در سال ۱۴۰۳، یک‌بار دیگر مرمت این مسجد رسانه‌ای می‌شود و این‌بار «علی حسنلو»، سرپرست معاونت گردشگری سازمان منطقه آزاد کیش، از آغاز عملیات مرمت و دفع رطوبت یکی از قدیمی‌ترین بناهای مذهبی جزیره کیش خبر داد.

پس از گذشت یک سال از این خبر، خبرنگار «پیام ما» در اواخر مهرماه ۱۴۰۴ از این مسجد بازدید می‌کند. به‌نظر می‌رسد مرمت این مسجد به پایان رسیده، اما پیش از عملی‌شدن وعده مسئولان برای تبدیل آن به موزه‌ای تعاملی با عنوان موزه جهان اسلام و نگهداری نسخه‌های خطی و قرآن‌های قدیمی، یک‌بار دیگر رطوبت مثل خوره به جان دیواره‌های این بنای قدیمی مذهبی افتاده است. پنجره‌های کوچک مسجد تبدیل به لانه پرندگان شده و با ورود به شبستان آن، حجم غلیظی از خاک به هوا بلند می‌شود. در این شرایط این پرسش مطرح می‌شود که چند بار دیگر باید برای مرمت این بنا که کمتر گردشگری از وجود آن مطلع است، هزینه شود تا وعده مسئولان محقق شود؟ ناگفته نماند که نگهداری از بناهای تاریخی در مناطقی که رطوبت بالایی دارند، مشکلات خاص خودش را دارد و باید دید برای نگهداری از نسخ خطی و قرآن‌های قدیمی که قرار است در موزه به نمایش درآیند، چه تدابیری اندیشیده شده است.

مسجد ماشه یکی از نمونه‌های معماری بومی به‌جامانده در جزیره کیش است و گفته می‌شود به دستور «عبدالمحسن بشار» از تاجران مروارید در دوران قاجار ساخته شده و زمانی بزرگترین مسجد جزیره بوده است. تمامی درها، چندل‌ها و حصیرهای سقف آن از هندوستان و زنگبار آفریقا به کیش آورده شده‌اند. چندل، نوعی چوب مقاوم در برابر رطوبت است که از آن در صنعت لنج‌سازی استفاده می‌شده است.

مردم روستای ماشه تا چند سال پس از انتقالشان به محله سفین همچنان برای اقامه نمازجمعه به مسجد ماشه می‌آمدند تا مسجد نور در جزیره کیش ساخته و جایگزین آن شد. در فضای ۶۰۰ مترمربعی این مسجد حیاط، وضوخانه، رواق، شبستان، محراب و دو گلدسته کوچک سنگی ساخته شده که خط طلایی خورشید هر عصر، از پنجره‌های چسبیده به زمین، تاریکی شبستان را می‌شکند و ذرات غبار خوابیده روی زمین را در هوا معلق می‌کند. تزئینات این مسجد در گچ‌بری‌های ساده محراب، مشبک پنجره‌ها و منبت درها خلاصه می‌شود.

مسجد ماشه ۲۷ دی‌ماه ۱۳۷۷ در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسید و یکی از شش اثر تاریخی و قابل‌ارزش جزیره کیش محسوب می‌شود.