با عفو چهار کارشناس محیط‌زیست زندانی، پروندهٔ جنجالی محیط‌زیستی‌ها مختومه شد. «حجت کرمانی»، وکیل مدافع چند تن از این زندانیان، با اعلام این خبر به «سلامت‌نیوز» گفته است موضوع عفو، به موکلان او ابلاغ شده است و پس از اعلام به اجرای احکام، فعالان محیط‌زیست از زندان آزاد خواهند شد. او از «هومن جوکار» با محکومیت هشت‌ساله، «سپیده کاشانی‌دوست» با محکومیت شش‌ساله، «طاهر قدیریان» با محکومیت هشت‌ساله و «نیلوفر بیانی» با محکومیت ۱۰ساله نام برده است، اما دربارهٔ «امیرحسین خالقی» با محکومیت شش‌ساله گفته است که هنوز خبری مبنی‌بر عفو او نرسیده است.

در این پرونده، «عبدالرضا کوهپایه» محکومیتی چهارساله دریافت کرد که با شیوع بیماری کرونا و عفو شمار زیادی از زندانیان، در فروردین ۱۳۹۹ آزاد شد. «مراد طاهباز» نیز که از او به‌عنوان متهم اصلی پرونده یاد می‌شد، حکم ۱۰ سال زندان دریافت کرد؛ اما در شهریورماه ۱۴۰۲ مبادله شد و به آمریکا رفت. «سام رجبی» نیز با محکومیت شش‌ساله روبه‌رو شد که چندماه قبل با پایان دوران محکومیتش آزاد شد. اگرچه خالقی و کاشانی‌دوست نیز محکومیتی شش‌ساله داشتند، اما به‌دلیل عمل جراحی و استفاده از مرخصی پزشکی، مدتی از محکومیت خود را بیرون از زندان گذراندند و به‌همین دلیل به‌میزان مرخصی‌های پزشکی‌شان به مدت زمان حضورشان در زندان افزوده شد. از این‌رو، آنها به‌همراه رجبی آزاد نشده‌اند. بااین‌حال، به‌نظر می‌رسد دوران محکومیت خالقی نیز به‌ پایان رسیده است و نام او در فهرست عفوشدگان به‌چشم نمی‌خورد.

ماه‌های ابتدایی بازداشت کارشناسان محیط‌زیست یکی از پرخبرترین ماه‌ها بود و اظهارات ضد و نقیضی دربارهٔ آنها و دلایل بازداشتشان به‌نقل از افراد مختلف منتشر شد. «تابناک» روز ۲۴ بهمن ۱۳۹۶ گزارشی با تیتر «پاسخی علمی به ادعای «مارمولک‌های جاسوس» سرلشکر فیروزآبادی» انتشار داد. در این گزارش ادعاهای سردار سرلشکر فیروزآبادی دربارهٔ توان جذب امواج اتمی توسط پوست مارمولک‌ها، سوسمارها و آفتاب‌پرست‌‌ها در گفت‌وگو با ایلنا در ۲۳ بهمن ۹۶ مورد بررسی قرار گرفت. وب‌سایت علمی LiveScience در مطلبی با عنوان «نه ایران، سوسمارهای جاسوس نمی‌توانند اورانیوم کشف کنند» این ادعاها را زیر سؤال برد. «این ادعا که سوسمارها یا مارمولک‌ها می‌توانند امواج اتمی را جذب کنند کاملاً غیرمنطقی است، زیرا پوست مارمولک‌ها دقیقاً از پروتئین‌هایی شبیه به پروتئین‌های پوست انسان تشکیل‌ شده است: کراتین A و B. هیچ‌یک از این دو نوع کراتین توانایی خاصی در جذب یا تشخیص اورانیوم یا سایر مواد رادیواکتیو ندارند.»

کمی بعد، چند تن از فعالان محیط‌زیست در جنوب ایران نیز بازداشت شدند و پس از مدتی بازداشت، برخی از افراد این پرونده آزاد شدند؛ اما درنهایت علاوه‌بر هفت نفر اول، «عبدالرضا کوهپایه» نیز در زندان ماند. این بازداشت‌ها بازار انتقادها و اظهارنظرها دربارهٔ این پرونده را داغ کرد تا جایی که «عیسی کلانتری»، رئیس وقت سازمان حفاظت محیط‌زیست، اعلام کرد وزارت اطلاعات این کارشناسان محیط‌زیست را جاسوس نمی‌داند. این اظهارنظر بحث‌ها بر سر مسئولیت تشخیص جاسوسی در کشور را بار دیگر داغ کرد؛ چراکه طبق قانون تشکیل وزارت اطلاعات، تشخیص جاسوسی برعهدهٔ این وزارتخانه است. بااین‌حال، قوهٔ قضائیه با این توضیح که درنهایت مسئولیت برخورد با جاسوسی برعهدهٔ این قوه است، به انتقادها پاسخ داد.

کارشناسان محیط‌زیست یکی از طولانی‌ترین دوران بازداشت موقت را تجربه کردند. آنها حدود دو سال در بازداشت موقت بودند تا آنکه احکام بدوی زندان در آبان ۱۳۹۸ صادر شد. درنهایت، بهمن‌ماه همان سال دادگاه تجدیدنظر احکام این کارشناسان محیط‌زیست را عیناً تأیید کرد.