سازمان انتقال خون ایران، با وجود موفقیت در تأمین نیازهای خونی کشور و ثبت رکورد افزایش ذخایر خون در روزهای بحرانی مانند جنگ چهل‌روزه، امروز با چالش‌های متعددی روبه‌روست؛ از فرسودگی تجهیزات و کمبود منابع مالی گرفته تا مشارکت اندک بانوان و سختی معیشت کارکنان. این مشکلات ممکن است در آینده بر اهدای خون در کشور تأثیر منفی بگذارد.