واگذاری مدیریت «حافظیه» و «سعدیه» به هیأت امنا، نگرانی فعالان و سازمان‌های مردم‌نهاد میراث فرهنگی را برانگیخته است. نبود شفافیت درباره سازوکار این طرح، احتمال حضور نهادهای غیرتخصصی در هیأت امنا و انتخاب دو مجموعه پربازدید و حساس برای اجرای آزمایشی آن، از مهم‌ترین دلایل این نگرانی‌هاست. به‌تازگی نیز ۵۸ انجمن میراث فرهنگی در بیانیه‌ای خطاب به وزیر میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی، به هیأت امنایی شدن مدیریت «حافظیه» و «سعدیه» اعتراض کرده‌اند.