درصد آلودگی هوای تهران ناشی از خودروهاست. ۲۰ درصد باقیمانده ناشی از آلاینده‌های کارخانه‌ها و صنعت است. شهرهای بزرگ کشور از نظر کیفیت هوا با مشکلات شدیدی مواجهند. حدود ۱۱ درصد از کل مرگ‌ومیرها و ۵۲ درصد از کل بیماری‌ها در کشور به عوامل خطر محیطی مربوط می‌شود. آلودگی ذرات معلق محیطی رتبهٔ اول را در بین ۱۰ عامل پرخطر محیط زیستی بیماری‌ها در سال ۱۳۹۸ به خود اختصاص داده است. توفان‌های شن و گردوغبار نیز از منابع ریزگردها هستند. سوزاندن سوخت‌های فسیلی منبع اصلی انتشار گازهای گلخانه‌ای است که باعث گرم شدن اقلیم است و بر آلودگی هوا تأثیر دارد. بانک جهانی خسارات وارده به اقتصاد ایران را در اثر مرگ‌ومیر ناشی از آلودگی هوا ۶۴۰ میلیون دلار برآورد کرده است. بیماری‌های ناشی از آلودگی هوا زیان‌هایی را به اقتصاد ایران تحمیل می‌کند که حدود ۲۶۰ میلیون دلار در سال برآورد می‌شود.

اکثر خودروها از بنزین سرب‌دار استفاده می‌کنند و تجهیزات کنترل آلایندگی ندارند. تهران به‌عنوان یکی از آلوده‌ترین شهرهای جهان رتبه‌بندی شده است. بااین‌حال، اتوبوس‌ها و اتومبیل‌هایی که با گاز طبیعی کار می‌کنند، قرار است جایگزین ناوگان حمل‌ونقل عمومی موجود در آینده شوند. همچنین، قیمت انرژی در ایران از طریق یارانه‌های سنگین دولتی به‌طور مصنوعی پایین نگه داشته می‌شود که الگوهای مصرف بسیار ناکارآمد و آلاینده را به‌همراه دارد. در این میان مدیریت ترافیک، بازرسی وسایل نقلیه، استفادهٔ عمومی از دوچرخه‌های برقی و دولت الکترونیک بخشی از راه‌حل هستند.  

مسائل ‌محیط زیستی در ایران به‌ویژه در مناطق شهری، انتشار آلاینده‌ها از سوی وسایل نقلیه، عملیات پالایشگاه‌ها و پساب‌های صنعتی به کیفیت پایین هوا دامن می‌زند. گزارشی از سوی برنامهٔ محیط زیست سازمان ملل متحد، ایران را از نظر شاخص‌های محیط زیستی در رتبهٔ ۱۱۷ در میان ۱۳۳ کشور جهان قرار داد. کمبود آب یک مسئلهٔ جدی است و این کشور نیز توسط تغییراقلیم تهدید می‌شود. منابع و اکوسیستم‌های ‌محیط زیستی درنتیجهٔ کمبود بارندگی، خشکسالی مداوم، تنش گرمایی، آلودگی هوا، آلودگی آب، فرسایش خاک و از بین رفتن تنوع زیستی در معرض تهدید قرار گرفته‌اند. جمهوری اسلامی ایران با افزایش دما و سطح دریاها و افزایش فراوانی توفان‌های گردوغبار و سایر بلایای طبیعی، تغییراقلیم را تجربه می‌کند. یک سیاست ملی برای تغییراقلیم در سال ۲۰۱۷ در سطح کابینه تصویب شد و وزارتخانه‌ها و سازمان‌های مربوطه مسئول توسعه و اجرای مداخلات کارآمد برای اقدامات سازگاری و کاهش هستند.

افزایش شیوع بیماری‌های تنفسی دولت را بر آن داشت تا قانون هوای پاک را تصویب و اجرا کند. هدف این برنامه‌ها کاهش تدریجی میزان مواد شیمیایی مضر منتشرشده در جو است. ایران عضو پروتکل کیوتو در مورد تغییراقلیم است و  توافقنامهٔ پاریس در مورد تغییراقلیم را امضا کرده، اما تصویب نکرده است. اکثر قلمروی ایران از چرای بی‌رویه، بیابان‌زایی و یا جنگل‌زدایی رنج می‌برد. تالاب‌ها و توده‌های آب‌شیرین به‌طور فزاینده‌ای با گسترش صنعت و کشاورزی درحال نابودی هستند و نشت نفت و مواد شیمیایی به آبزیان در خلیج‌ فارس و دریای خزر آسیب رسانده است. هجوم شرکت‌های بین‌المللی برای توسعهٔ ذخایر نفت و گاز در دریای کاسپین، این منطقه را با مجموعهٔ جدیدی از تهدیدات محیط زیستی مواجه می‌کند. ایران در امتداد مرزهای غربی و شمال‌شرقی دچار خشکسالی‌های دوره‌ای، سیل، توفان گردوغبار، توفان شن و زلزله می‌شود. ایران در سال ۲۰۱۱ بدترین رتبهٔ جهان را از نظر فرسایش خاک داشت. تخمین زده می‌شود که روزانه ۵۰ هزار تن زباله در کشور تولید می‌شود. ایران سالانه بیش از هشت میلیون تن زبالهٔ خطرناک تولید می‌کند. پساب‌های صنعتی و شهری‌، رودخانه‌ها، آب‌های ساحلی و زیرزمینی را آلوده کرده است. کمبود آب در ایران ناشی از تنوع اقلیمی زیاد، توزیع نابرابر آب، بهره‌برداری بیش از حد از منابع آبی موجود و اولویت‌بندی توسعهٔ اقتصادی است و با تغییراقلیم تشدید می‌شود.