رئیس دولت اصلاحات با صدور پیامی روز دانشجو را گرامی داشت. به گزارش ایلنا، سید محمد خاتمی در این پیام با اشاره به اینکه شانزدهم آذرماه را باید در متن آنچه در بیش از یک قرن بر این مرز و بوم رفته و سیر و صیرورتی که ملت شریف ایران داشته، دید و ارزیابی کرد، نوشت: مدار حرکت ملّت؛ نفی استبداد، نفی استعمار و نفی عقب‌ماندگی، تبعیض و فساد و متناظر آن مطالبه آزادی، استقلال، پیشرفت و عدالت و در یک کلام دستیابی به «زندگی» متناسب با شأن انسان و اقتضائات زمان بوده است. ولی پاره‌ای از حادثه‌ها و ایام جنبه نمادین پیدا کرده‌است؛ از جمله شانزده آذر که نمایانگر جایگاه والای دانشگاه و پیشتازی دانشجو در تحولات اجتماع رو به آینده است. او در ادامه این بیانیه با ابراز همدردی با بازماندگان جان‌باختگان این حوادث خاطرنشان کرد: با وجود درد و داغی که از خون‌های ریخته شده و آسیب‌هایی که مردم در عرصه‌های اقتصادی، سیاسی، اجتماعی به خصوص اخلاقی دیده و می‌بینند، بر دل داریم، جای خوشوقتی است که پس از انفعال تحمیل شده بر دانشگاه، اینک شاهد حضور و ابراز وجود دانشجویان در جریان‌های اخیر هستیم و خوشوقتی بیشتر اینکه همدلی و هم‌سخنی بخش مهمی از استادان را با دانشجویان می‌بینیم.
رئیس‌ جمهور پیشین ایران همچنین با اظهار تاسف نسبت‌به بازداشت و ایجاد محدودیت برای دانشجویان و فشار بر استادان تصریح کرد: این رفتارها نه با مبانی و موازین آزادی و حقوق انسانی سازگار است و نه در نهایت امنیّت پایدار دانشگاه و جامعه را تأمین می‌کند. او نوشت: از دانشگاه به‌خصوص انتظار می‌رود که توجه داشته باشد که همچنان که آزادی یک نیاز مبرم و مطالبه مهم است، امنیت نیز برای کشور اهمیت دارد و مراد از آزادی، آزادی ملّت و از امنیّت، امنیّت میهن است. نباید گذاشت تا آزادی و امنیت در برابر هم قرار گیرند و در نتیجه آزادی به بهانه حفظ امنیت، پایمال شود یا امنیت که شرط استقرار سامان و نظم خوب در جامعه است، به‌نام آزادی نادیده انگاشته شود. رئیس دولت اصلاحات در ادامه تاکید کرد: اینک که جامعه با شعار زیبای زن، زندگی، آزادی حرکت خود را به سوی آینده بهتر نشان می‌دهد، به گونه‌ای کم‌سابقه و شاید بی‌سابقه فرهیختگان، استادان، نخبگان و دانشجویان را در اصل حرکت حاضر می‌بینیم. خاتمی در پایان نکاتی را نیز خطاب به مسئولان مطرح و به آنان توصیه کرده است: مسئولان این حضور را قدر بدانند و به‌جای برخورد ناروا با آن، دست یاری به سوی آنان دراز کنند و با کمک آنان وجوه ناصواب حکمرانی را به‌درستی بشناسند و پیش از آنکه دیر شود، به‌سوی حکمرانی خوب حرکت کنند. امید، که به لطف حضرت پروردگار و توجه به خواسته‌های به‌حق جامعه، در همه زمینه‌ها گشایش موثرتر پدید آید.