طرح شفافیت قوای سه‌گانه که اواخر اردیبهشت‌ماه بالاخره پس از ماه‌ها کشمکش و بحث و بررسی نمایندگان به تصویب مجلس رسید، حالا با مخالفت شورای نگهبان مواجه شده و سخنگوی این شورا در توضیحاتی به برخی از این موارد ایرادات و ابهاماتی در مصوبات مجلس در این طرح اشاره کرده است. این در حالی است که کلیات طرح شفافیت فی‌النفسه طرح خوبی است و اساساً‌ شفافیت سیاسی و ایجاد شفافیت در سازوکارهای مختلف اداری و حاکمیتی امری ضروری و پسندیده است و با قانون اساسی نیز انطباق دارد. ضمن آنکه این اصل را که مجلس باید راس همه امور باشد، تقویت می‌کند. فراموش نکنیم که مجلس علاوه‌بر وظیفه و اختیار قانونگذاری، نسبت‌به همه امور مملکتی وظایف نظارتی نیز دارد و مجاز است با انجام تفحص در همه امور _به‌جز مواردی خاص که هرگونه تفحص نیازمند دستور مقام‌های عالی کشور است_ زمینه شفافیت امور را فراهم کرده و تخلفات را به حداقل برساند.
با این همه طرح شفافیت قوای سه‌گانه شبیه به برخی از مصوبات و طرح‌های دیگر مجلس با مشکلاتی روبرو است و بر این اساس هم به لحاظ شکلی و هم به لحاظ ماهوی ناقص بوده و دارای ایرادهایی است. چنان‌که در توضیحات سخنگوی شورای نگهبان آمده که این طرح به لحاظ شکلی دارای ایرادهایی است و این ایرادها باید برطرف شود. به عنوان مثال ما در قانون دادگاه‌های قضایی و غیرقضایی نداریم، بلکه مراجع قضایی و شبیه‌قضایی داریم. چنان که در نظام حقوقی دیگر کشورها هم این مسائل وجود دارد و کمیسیون‌هایی که به‌عنوان مثال در وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی یا ادارات دارایی و شهرداری‌ها وجود دارد و در مواردی خاص مجاز به صدور رای هستند، مرجع قضایی نبوده و آرایی که صادر می‌کنند با رای مراجع قضایی متفاوت است.
این در حالی است که عمده نکاتی که در توضیحات سخنگوی شورای نگهبان در رد طرح شفافیت قوای سه‌گانه مورد تاکید قرار گرفته، جنبه شکلی دارد و جا دارد امضاکنندگان طرح با مطالعه مجدد و عرضه طرحی پخته و جامع و مانع، به مسائلی بپردازند که پیش از این در موردشان قانون خاص وجود نداشته باشد. چه آن‌که در غیر این صورت میان قوانین عام و خاص مجلس تعارض به وجود می‌آید. ما در حال حاضر نیز قانون انتشار و دسترسی آزاد اطلاعات را داریم و اگر این قانون آن‌طور که باید و شاید، به‌طور کامل اجرا شود، برخی از اهداف طراحان طرح شفافیت برطرف خواهد شد. چنان که سخنگوی شورای نگهبان نیز به این نکته اشاره و تاکید کرده در بخشی از طرح مجلس به فعالیت بخش خصوصی اشاره شده و بخش خصوصی را نیز در دایره شمول طرح شفافیت قوای سه‌گانه قرار داده؛ حال آن‌که طبیعتا مجلس شورای اسلامی امکان تصمیم‌گیری در این رابطه را ندارد. به همین دلیل فارغ از ایرادهای شکلی و ماهوی در این طرح، اگر همین نمایندگان با استعانت از مرکز پژوهش‌های مجلس طرح و مصوبات را قبلی را مورد بازنگری قرار داده و نسخه‌ای پخته‌تر از آن را ارائه کرده و به تصویب برسانند.