اما بی‌سابقه بودن این طرح در ایران در کنار پیچیدگی‌ها و چالش‌های فنی و مدیریتی، همواره رصدخانه ملی را با فراز و فرودهایی مواجه ساخته است.

به علاوه شرایط تحریم و مهجور بودن طرح‌های علوم پایه در ایران، چه از طرف مردم و چه از طرف مسئولان، مشکلات این طرح را چند برابر کرده است. بنابراین عجیب نیست که به ثمر رسیدن این پروژه تا این حد به درازا کشیده است.
اما به نظر می‌رسید که با انتشار این خبر، تمامی انتظارها به پایان رسیده و بالاخره رصدخانه ملی افتتاح می‌شود. بالاخره امروز این اتفاق افتاد اما نه آن طور که انتظار می‌رفت: تلسکوپ رصدخانه ملی آینه نداشت! آینه اصلی‌ترین قسمت تلسکوپ است یعنی چیزی که نور را جمع‌آوری کرده و ما را تا عمق کیهان می‌برد. آینه تلسکوپ در اواخر سال 93 وارد ایران شده است اما هنوز روی پایه نصب نشده و آنچه افتتاح شد در واقع ساختمان اصلی و گنبد تلسکوپ است. البته پروژه مکان‌یابی و ساخت ساختمان اصلی و گنبد سازگار با معیارهای علمی و محیطی منطقه کار دشواری محسوب می‌شود، همچنین پایه نگه‌دارنده آینه که اکنون نصب شده، از نظر فنی پیچیده است چرا که باید آینه چند تنی تلسکوپ را با دقت بهتر از یک هزارم درجه جابه‌جا کند، اما هنوز حدود یک سال تا بهره برداری کامل فاصله داریم. البته کسانی که پیش از این پیگیر اخبار رصدخانه ملی بودند، از زبان مجری پروژه، دکتر حبیب خسروشاهی، شنیده بودند که پیش‌‌بینی می‌شود رصدخانه ملی در نیمه اول 1400 نورگیری کرده و تا 1401 به بهره برداری کامل برسد. حتی متن خبر که از طرف سایت و اینستاگرام رصدخانه ملی منتشر شد صرفا به پایان ساخت و نصب محفظه و آغاز پروژه راه اندازی تلسکوپ اشاره کرده است و خبری از پایان پروژه و افتتاح یا بهره برداری کامل نیست. اما انتشار خبر افتتاح تلسکوپ از سوی رسانه‌ها بدون این که آینه روی آن نصب باشد، حقیقتا موجب دلسردی پژوهشگران و دوستداران اخترشناسی شد. دور از انصاف نیست اگر بگوییم در این هشت سال اخیر پروژه رصدخانه ملی با شدت و سرعت بیشتری در حال انجام بود اما به هر حال افتتاح پیش از موعد این پروژه در روزهای پایانی دولت یک فرصت‌سوزی کامل بود و بیشتر موجب بی‌اعتمادی به طرح‌های علمی کشور و زیر سوال رفتن زحمات پژوهشگران درگیر در پروژه می‌شود. متاسفانه پیش از این نیز شاهد زیر سوال رفتن زحمات پژوهشگران به خاطر ملاحظات سیاسی بوده‌ایم تا جایی که با وجود توانمندی ایران در تولید واکسن، برخوردهای سیاسی با این موضوع و دوری از معیارهای علمی به جای اعتمادسازی بیشتر باعث زیر سوال رفتن این توانمندی پژوهشگران کشور شده است.