آلاینده‌هایی که در آب دو سرشاخه منتهی به سد ژاوه (گاوه‌رود و قشلاق) وجود دارد شامل پساب مراکز پرورش ماهی و فاضلاب روستایی و صنعتی است. آبگیری سد ژاوه بدون رفع این آلاینده‌ها اثرات متعددی در بخش‌های مختلف به دنبال خواهد داشت. از جمله این‌که افزایش فسفر در مخزن باعث رشد جلبک شده و این پدیده باعث تغذیه‌گرا شدن مخزن می‌شود. در نتیجه در اثر تجمع و مرگ و میر این جلبک‌ها -که رشد بالایی دارند- بوی تعفن شدیدی منطقه را فراخواهد گرفت. این فرایند به مرور باعث از بین رفتن اکسیژن در مخزن سد می‌شود. مواد‌آلی که وارد مخزن شده‌اند در شرایط بی‌هوازی که قرار می‌گیرند و گازهایی مثل متان و H2S متصاعد می‌کنند. اثرات این گازها تمام روستاهای پیرامون این منطقه را تحت تاثیر قرار می‌دهند.باید توجه داشت که این منطقه در مسیر کریدور هوایی شهر سنندج قرار دارد. سنندج بین کوه‌ها محاصره شده و این مسیر تنها مسیر تنفس شهر سنندج است که تبادل هوای داخل شهر با بیرون را امکانپذیر می‌کند، گازهای متصاعد شده از مخزن سد از این مسیر وارد شهر سنندج می‌شود و علاوه بر روستاهای اطراف، شهر سنندج را هم درگیر آلودگی می‌کنند. با آبگیری غیراصولی سد ژاوه علاوه بر آلودگی آب و خاک، آلودگی هوا هم گریبان مردم منطقه را خواهد گرفت.
میزان آلودگی آبی که در این سد ذخیره می‌شود، به دلیل فعل و انفعالاتی که در مخزن صورت می‌گیرد، به مراتب بیشتر از آب رودخانه‌های جاری خواهد بود. با باز شدن دریچه‌های سد تاثیرات این آلایندگی در پایین دست سد ژاوه بسیار بیشتر از زمانی خواهد بود که فاضلاب به صورت مستمر در رودخانه جاری است. از طرفی آب این سد قرار نیست در محدوده مخزن سد مصرف شود، بلکه به نقطه دیگری منتقل می‌شود. بنابراین علاوه بر آلایندگی نقطه‌ای در منطقه ژاوه و پایین دست، این آلودگی به دشت قروه و دهگلان منتقل می‌شود و منابع آبی و خاکی آن منطقه را هم آلوده می‌کند. ما با آبگیری سد ژاوه به کلی مخالف نیستیم، بلکه معتقدیم پیش از آبگیری باید آلاینده‌ها را از بین برد. منابع آلودگی آب رودخانه‌ها مشخص است، می‌توان با تصفیه‌خانه‌های پراکنده و تجمیع فاضلاب روستاهای مسیر رودخانه و یا ساخت تصفیه‌خانه برای کشتارگاه‌های صنعتی در مسیر، بار آلاینده‌ها در تصفیه‌خانه سنندج کاهش پیدا می‌کند و شاید در این شرایط بتوان به کاهش آلاینده‌ها در آب ورودی به سد امیدوار بود، اما وقتی آب همراه با آلاینده‌های موجود، به مخزن برسد و فاضلاب در آن تجمع پیدا کند، دیگر نمی‌توان کاری انجام داد.