در کنار تمام تبعاتی که آبگیری سد ژاوه سنندج به دنبال دارد، نگرانی‌هایی در زمینه آلودگی‌های خاک در این منطقه مطرح است که می‌توان آن را جزء اثرات بلند مدت این آبگیری غیراصولی دانست. آلودگی‌هایی که در آب رودخانه‌هایی که مخزن سد را تغذیه خواهند کرد، وجود دارد که اگر در بخش کشاورزی مورد استفاده قرار گیرد، تبعات جبران ناپذیری خواهد داشت. از آنجا که یکی از مهمترین اهداف ساخت این سد انتقال آب به دشت‌های مناطق شرقی کردستان از جمله دشت دهگلان است، حدود 7 هزار هکتار از اراضی این منطقه قرار است در آینده با آبی که از سد ژاوه تامین خواهد شد، آبیاری شوند. با توجه به وجود فلزات سنگینی مثل کادمیوم [از فلزات سمی، خطرناک و سرطان‌زای موجود در طبیعت است] در این آب، این نگرانی وجود دارد که این عنصر در بلند مدت خاک اراضی کشاورزی منطقه را آلوده کند. این آلودگی تبعاتی به دنبال دارد. خاک این منطقه آهکی است و با توجه به شرایطی که وجود دارد، عنصر روی در آن کم است، فلز کادمیوم به لحاظ فیزیکی و شیمیایی تشابه بسیاری با فلز روی دارد. این عنصر اگر در خاک انباشته شود، گیاه به اشتباه به جای فلز روی، کادمیوم را جذب می‌کند و باعث می‌شود که گیاه به لحاظ سلامت زیر سوال رود و مصرف کننده را دچار مشکلات عدیده و بیماری کند. محصولی که از این خاک برداشت می‌شود می‌تواند آلوده به فلز کادمیوم و عوامل میکروبی باشد و چنانچه مصرف کننده از این محصول استفاده کند، دچار مشکلات متعدد شده و تبعات آن گریبانگیر جامعه خواهد شد. علاوه بر تمام این موارد، آلودگی خاک سلامت نیروهای انسانی را به عنوان بزرگترین سرمایه‌های بخش کشاورزی که در زمین‌های زراعی مشغول کار هستند هم تهدید می‌کند. علاوه بر آلودگی خاک، این آلاینده‌ها بر کیفیت آب‌های زیرزمینی هم اثر می‌گذارد و با عبور از خاک می‌تواند به آبهای زیرزمینی راه پیدا کند. در این شرایط علاوه بر فلزات سنگین خطرات آلودگی‌های میکروبی و عوامل بیماری‌زا که از این آب می‌تواند به منابع آبهای زیرزمینی در دشت‌های شرقی انتقال پیدا کند هم وجود دارد. مخالفت با آبگیری سد ژاوه در شرایط فعلی به این دلیل است که با توجه به تبعات متعدد آبگیری و انتقال آب روی خاک و آب منطقه، بهتر است پیش از هر اقدامی برای رفع آلاینده‌ها اقداماتی صورت گیرد.