پروژه انتقال آب خلیج فارس و دریای عمان مدام گسترش می‌یابد و به مناطق مختلف کشیده می‌شود؛ مناطقی که برخی از آنها در طرح اولیه وجود نداشتند. ارزیابی‌های اولیه محیط‌زیستی این طرح نشان می‌داد که خطوط انتقال آب از مناطق حساس طبیعی، از جمله دره راگه رفسنجان، حریم تالاب لیپار، منطقه حفاظت‌شده کوه پوزک و مناطق شکارممنوع مک‌سرخ، هنگام، سه‌کوهک و ژرف می‌گذرند و به زیستگاه‌ها و پوشش گیاهی آسیب می‌رسانند. برخی کارشناسان منابع آب و محیط‌زیست پیش‌بینی می‌کنند که با کشیده‌شدن خطوط لوله به شهرهای جدید، آسیب به مناطق حفاظت‌شده گسترده‌تر شود.