با میانگین بارش کمتر از ۹۵ میلی‌متر در سال، استان یزد به شدت به منابع آب زیرزمینی وابسته است. محمدعلی فهیمی، رئیس گروه مطالعات آب‌های زیرزمینی یزد، هشدار می‌دهد که برداشت‌های فراتر از توان اکولوژیک آبخوان‌ها، منجر به فرونشست زمین در ۹ دشت استان و نفوذ آب‌های شور شده است؛ بحرانی که اگر با رویکرد «توسعه پایدار» و مدیریت دقیق مصرف مهار نشود، زیرساخت‌های حیاتی استان را با خطر نابودی مواجه خواهد کرد.

توقف پروژه مهار پساب شور گنبد نمکی در رودخانه مسقان شیراز به دلیل کمبود اعتبارات، و رهاسازی عامدانه و مخرب آب شور انباشته‌شده، به تلف شدن گسترده آبزیان این رودخانه و تهدید اراضی کشاورزی پایین‌دست منجر شد.