دفتر بررسی و مقابله با آلودگی‌های دریایی راهبردهای کوتاه‌مدت، میان‌مدت و بلندمدت را تعریف و دنبال کرده‌است. از جمله این اقدامات می‌توان به رصد و پایش مستمر محیطی و بررسی گزارشات وقوع آلودگی محیط زیست دریایی به مواد نفتی اشاره کرد. به طور کلی نشت مواد نفتی به دریا با منشأ فعالیت‌های انسان‌پایه از راه‌های مختلفی اتفاق می‌افتد که برخی از آن ها عبارتند از: نشت مواد نفتی از سکوهای نفتی، خطوط انتقال مواد نفتی و تأسیسات نفتی مستقر در مناطق ساحلی – فراساحل، نشت مواد نفتی از شناورها ناشی از حوادث یا بروز تخلفات ناشی از تخلیه عمدی فضولات نفتی شناور ها به دریا و همچنین ریزش مواد نفتی به دریا ناشی از عملیات تخلیه و بارگیری مواد نفتی و همچنین قاچاق سوخت های فسیلی.در این دفتر کارگروهی متشکل از همه دستگاه‌های ذی‌ربط با هدف تسریع و تسهیل عملیات مقابله و پاکسازی آلودگی نفتی در دریا ایجاد شده است.در یک سال اخیر، با تلاش معاونت دریایی و تالاب‌های سازمان، تدابیری برای مقابله با شرایط تحریمی موجود در نظر گرفته شد تا با رفع مشکلات صنعت نفت در تامین قطعات و تجهیزات و بروزرسانی تاسیسات نفتی، نسبت به کاهش موارد حوادث منجر به نشت مواد نفتی در دریا اقدام شود.

اهمیت رصد مستمر آلودگی‌های دریایی
بنابراین معاونت دریایی از طریق مذاکره و جلب مشارکت مرکز همکاری متقابل اضطرار دریایی در منطقه خلیج فارس و دریای عمان (MEMAC) در قالب حمایت از محیط زیست خلیج فارس موفق به تسهیل فرآیند تامین و بروزرسانی تجهیزات، تاسیسات و خطوط انتقال مواد نفتی به عنوان مهم‌ترین عوامل وقوع حوادث نفتی در سال‌های اخیر شد. اتخاذ این تدابیر و پیگیری‌ها موجب شد امکان خرید تجهیزات، قطعات و خدمات بین‌المللی برای شرکت ملی نفت ایران و شرکت نفت فلات قاره ایران در شرایط تحریم فراهم آید. از اقدامات دیگر برای ایجاد و تقویت زیر ساخت‌های قانونی در التزام دستگاه‌ها به رعایت الزامات محیط زیست در سال‌های اخیر تهیه مستندات به این شرح بوده است: ایجاد بانک اطلاعاتی مشخصات مواد نفتی کشور، راهنمای استفاده از ترکیبات پراکنده ساز مواد نفتی در دریا، دستورالعمل تاسیسات و امکانات دریافت فضولات نفتی از کشتی‌ها و نفت‌کش‌ها و شناورها، دستورالعمل برآورد خسارات ناشی از آلودگی مواد نفتی در محیط زیست دریایی، استاندارد کیفیت آب‌های محیطی دریای خزر، خلیج فارس و دریای عمان و استاندارد تخلیه پساب به دریا.درباره ضرورت ایجاد بانک اطلاعاتی مشخصات مواد نفتی کشور باید به این مهم اشاره کرد که پیگیری حقوقی تخلفات مرتبط با نشت مواد نفتی در دریا مستلزم وجود ادله کافی برای تعیین و اثبات منشا آلودگی است. مشخصه شیمیایی ترکیبات مواد نفتی استخراج شده از یک میدان نفتی، متمایز از سایر مواد نفتی استخراجی از میادین دیگر است بنابراین تشخیص صحیح نوع مواد نفتی و ویژگی‌های آن پایه و اساس طرح شکایت از عامل آلودگی در محاکم قضایی جهت برخورد قانونی با تخلفات و جبران خسارات وارده به محیط زیست است. بر این اساس در قالب تعریف و اجرای پروژه مطالعاتی پهنه‌بندی آلودگی رسوبات به مواد نفتی، با تأکید بر انگشت‌نگاری شیمیایی مواد نفتی موجود در میادین نفتی واقع در مناطق ساحلی – فراساحل خلیج فارس در دست یابی به این مهم تلاش کرده و هم اکنون نیز در دست اقدام است.همچنین این دفتر در قالب اجرای سلسله عملیات نظارت و پایش مستمر صنایع، به بازرسی محیط زیستی از نحوه عملکرد مدیریت محیط زیست صنایع و تأسیسات نفتی مستقر در این مناطق از ۱۳۹۵ تاکنون اقدام کرد و در ادامه از ابتدای سال ۱۳۹۸ عملیات بازرسی محیط زیستی از صنایع و تاسیسات بندری (خدماتی – بازرگانی، شیلاتی، پایانه های نفتی و نظامی) را آغاز کرده است.از دیگر اقدامات انجام شده همکاری در پیاده‌سازی سامانه جامع مدیریت پسماند کشور با معرفی صنایع مستقر در مناطق ساحلی به این سامانه و پیگیری نحوه مدیریت پسماند توسط آنها است. همچنین با اجرای فاز اول و دوم پروژه مطالعاتی «پایش مواد آلی فرار با تجزیه و تحلیل میزان جذب آن در ترکیبات پلی اتیلنی (رزین پلت) و رسوبات سواحل جنوبی دریای خزر جهت تعیین بهینه شاخص سنجش میزان و منبع آلودگی سواحل به آلودگی نفتی و ارائه راهکارهای کنترل و مدیریت مواد زائد پلاستیکی» سعی شده است تا ضمن تشریح اولویت بررسی آلودگی نفتی در رزین‌پلت‌ها نسبت به رسوبات به عنوان شاخص مطلوب بین‌المللی، وضعیت موجود پسماندهای پلاستیکی در این سواحل مورد بررسی قرار گیرد و راهکارهای لازم برای کنترل و مدیریت شرایط موجود ارایه و به مورد اجرا گذاشته شود. علاوه بر این‌ها با برقراری ارتباط با مجامع علمی و شرکت کارشناسان این معاونت در کارگاه‌های تخصصی مدیریت پسماند و مواد زائد پلاستیکی سعی شده است تا راهکارهای نوین مدیریتی در این عرصه نیز بررسی و اجرا شود.از سوی دیگر یکی از مواردی که گه‌گاه با آن مواجه می‌شویم بروز تلفات دسته جمعی آبزیان در حوزه دریایی کشور است. به تازگی تلاش شده تا نمونه‌برداری از بافت آبزیان و بررسی و تعیین علت مرگ و میر دسته‌جمعی آن‌ها توسط مراجع معتبر علمی و اساتید صاحب‌نظر دانشگاهی انجام شود. بدیهی است نتایج این اقدام همگام با اطلاع‌رسانی عمومی، سبب شناسایی متخلفان (در صورت وقوع مرگ و میر به علت آلودگی) و برخورد قانونی با آن‌ها خواهد شد.
ایجاد مراکز پایش برخط محیط زیست ساحلی – دریایی نیز به علت استقرار صنعت پتروشیمی در مناطق ساحلی خلیج فارس، مد نظر قرار گرفته است. با تجهیز این مراکز به تجهیزات پایشی و جذب کارشناسان مرتبط می‌توان امیدوار بود که وضعیت موجود در این مناطق به طور مستمر و لحظه‌ای مورد پایش قرار گرفته و اطلاعات لازم برای کنترل و مدیریت شرایط موجود استخراج شود.
با برآورد میزان کل بار آلودگی در آب‌های ساحلی این مناطق، می‌توان سقف مجاز بارگذاری صنایع پتروشیمی و حجم مجاز تخلیه پساب صنعتی آن‌ها به محیط را در این مناطق تحلیل کرد و از این طریق همکاری صنعت پتروشیمی را در پیاده‌سازی الزامات محیط زیستی افزایش داد. این پروژه در حال حاضر برای منطقه ویژه اقتصادی ماهشهر در دست اقدام است.